Spécialisé en:
- Bioinformatique
- Biologie computationnelle
Intérêts de recherche
- Développement d'algorithmes bioinformatiques
Biographie
J'ai rejoint le Roswell Park Comprehensive Cancer Center en 2019. Avant cela, j'étais professeur adjoint au département de biochimie de l'université de Buffalo depuis 2013. Mon groupe de recherche se concentre sur la création d'algorithmes bioinformatiques pour les tests de génomique unicellulaire afin d'étudier les mécanismes de régulation transcriptionnelle et épigénétique et l'influence des variations génétiques au niveau des éléments régulateurs. Avant ma carrière de membre du corps professoral, j'étais chercheur postdoctoral au Dana-Farber Cancer Institute, où j'ai acquis une vaste expérience de travail au sein du groupe de travail d'analyse du consortium ENCODE et modENCODE. J'ai développé et je maintiens des algorithmes open source largement utilisés, notamment MACS (cité plus de 5,000 XNUMX fois selon Google Scholar) pour analyser les données ChIP-seq, et Galaxie / Cistrome / Cistrome, qui compte plus de 3,000 40 utilisateurs. J'ai rédigé ou co-rédigé plus de XNUMX publications méthodologiques et collaboratives évaluées par des pairs.
Positions
Centre de cancérologie complet de Roswell Park
- Professeur agrégé d'oncologie
- Génomique du cancer et oncologie computationnelle
- Département de Biostatistique et Bioinformatique
École de médecine et de sciences biomédicales Jacobs, Université de Buffalo
- Assistant de recherche
- Professeur de biochimie
Présentation
Éducation et formation
- 2007 - Doctorat - Bioinformatique, Institut de biophysique, Académie chinoise des sciences, Pékin, Chine
- 2002 - BS - Physique, Université de Nanjing, Chine
Association
- 2007-2012 - Chercheur postdoctoral en bioinformatique, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA
Expérience professionnelle
- 2007-2012 - Chercheur postdoctoral, Dana-Farber Cancer Institute, Boston MA
- 2012-2019 - Professeur adjoint, Département de biochimie, Université de Buffalo, Buffalo NY
Honeurs et Prix
- 2002 - Prix d'excellence pour les étudiants diplômés, École supérieure de l'Académie chinoise des sciences
- 2000 - Prix d'excellence des étudiants, Université de Nanjing
- 2009 - Gagnant du défi communautaire ChIP-seq organisé par SeqAnswer
Aperçu de la recherche
Mon intérêt de recherche à long terme est de développer et d'appliquer des approches informatiques pour étudier la régulation transcriptionnelle et épigénétique. Mon groupe au Roswell Park Comprehensive Cancer Center se concentre sur la création d'algorithmes bioinformatiques pour les tests génomiques à cellule unique afin d'étudier les mécanismes de régulation des gènes et l'influence des variations génétiques sur les éléments cis-régulateurs. Je maintiens certains algorithmes bioinformatiques largement utilisés pour l'analyse génomique tels que MACS pour l'immunoprécipitation de la chromatine avec séquençage à haut débit. J'entretiens des collaborations étroites avec des expérimentateurs, des biologistes et des cliniciens dans divers domaines.
Publications
- Tarbell, E. et Liu, T. (2019) HMMRATAC : un modèle de Markov caché pour la recherche sur les acides nucléiques ATAC-seq. [sous presse]
- Ho, J.*, Jung, Y.*Liu, T.*Alver, B., Lee, S., Ikegami, K., et al. (2014) Analyse comparative de l'organisation de la chromatine des métazoaires. Nature, 512(7515), 449. PMCID: PMC4227084
- Boudreau, J.*Krajewski, P.*, Ladunga, moi.*, Lefebvre, C.*, Li, Q.*Liu, T.*, Madrigal, P.*, Taslim, C.*, et Zhang, J.*. (2013) Lignes directrices pratiques pour l'analyse complète des données ChIP-seq. PLoS Computational Biology, 9 (11), e1003326 PMCID : PMC3828144
- Liu, T.*, Ortiz, JA*Taing, L., Meyer, CA, Lee, B., Zhang, Y., et al. (2011) Cistrome : une plateforme intégrative pour les études de régulation transcriptionnelle. Genome Biology, 12(8), R83. PMCID : PMC3245621
- Zhang, Y.*Liu, T.*, Meyer, CA, Eeckhoute, J., Johnson, DS, Bernstein, BE, & et al. (2008) Analyse basée sur un modèle de ChIP-Seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. PMCID : PMC2592715