Spécialisé en:
- Bioinformatique
- Biologie computationnelle
Intérêts de recherche
- Développement d'algorithmes bioinformatiques
Biographie
J'ai rejoint le Roswell Park Comprehensive Cancer Center en 2019. Auparavant, j'étais maître de conférences au département de biochimie de l'Université de Buffalo depuis 2013. Mon équipe de recherche se concentre sur le développement d'algorithmes bioinformatiques pour les analyses de génomique unicellulaire, afin d'étudier les mécanismes de régulation transcriptionnelle et épigénétique ainsi que l'influence des variations génétiques au niveau des éléments régulateurs. Avant d'occuper un poste de professeur, j'étais chercheur postdoctoral au Dana-Farber Cancer Institute, où j'ai acquis une solide expérience au sein du groupe de travail sur l'analyse des consortiums ENCODE et modENCODE. J'ai développé et je maintiens des algorithmes open source largement utilisés, notamment MACS (cité plus de 5 000 fois selon Google Scholar) pour l'analyse des données ChIP-seq, et Galaxy/Cistrome/Cistrome , qui compte plus de 3 000 utilisateurs. Je suis l'auteur ou le co-auteur de plus de 40 publications méthodologiques et collaboratives évaluées par des pairs.
Positions
Centre de cancérologie complet de Roswell Park
- Professeur agrégé d'oncologie
- Génomique du cancer et oncologie computationnelle
- Département de biostatistique et de bioinformatique
École de médecine et de sciences biomédicales Jacobs, Université de Buffalo
- Assistant de recherche
- Professeur de biochimie
Présentation
Éducation et formation
- 2007 - Doctorat - Bioinformatique, Institut de biophysique, Académie chinoise des sciences, Pékin, Chine
- 2002 - BS - Physique, Université de Nanjing, Chine
Association
- 2007-2012 - Chercheur postdoctoral en bioinformatique, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA
Expérience professionnelle
- 2007-2012 - Chercheur postdoctoral, Dana-Farber Cancer Institute, Boston MA
- 2012-2019 - Professeur adjoint, Département de biochimie, Université de Buffalo, Buffalo NY
Honeurs et Prix
- 2002 - Prix d'excellence pour les étudiants diplômés, École supérieure de l'Académie chinoise des sciences
- 2000 - Prix d'excellence des étudiants, Université de Nanjing
- 2009 - Gagnant du défi communautaire ChIP-seq organisé par SeqAnswer
Aperçu de la recherche
Mon intérêt de recherche à long terme est de développer et d'appliquer des approches informatiques pour étudier la régulation transcriptionnelle et épigénétique. Mon groupe au Roswell Park Comprehensive Cancer Center se concentre sur la création d'algorithmes bioinformatiques pour les tests génomiques à cellule unique afin d'étudier les mécanismes de régulation des gènes et l'influence des variations génétiques sur les éléments cis-régulateurs. Je maintiens certains algorithmes bioinformatiques largement utilisés pour l'analyse génomique tels que MACS pour l'immunoprécipitation de la chromatine avec séquençage à haut débit. J'entretiens des collaborations étroites avec des expérimentateurs, des biologistes et des cliniciens dans divers domaines.
Publications
- Tarbell, E. et Liu, T. (2019) HMMRATAC : un modèle de Markov caché pour la recherche sur les acides nucléiques ATAC-seq. [sous presse]
- Ho, J.*, Jung, Y.*Liu, T.*Alver, B., Lee, S., Ikegami, K., et al. (2014) Analyse comparative de l'organisation de la chromatine des métazoaires. Nature, 512(7515), 449. PMCID: PMC4227084
- Boudreau, J.*Krajewski, P.*, Ladunga, moi.*, Lefebvre, C.*, Li, Q.*Liu, T.*, Madrigal, P.*, Taslim, C.*, et Zhang, J.*. (2013) Lignes directrices pratiques pour l'analyse complète des données ChIP-seq. PLoS Computational Biology, 9 (11), e1003326 PMCID : PMC3828144
- Liu, T.*, Ortiz, JA*Taing, L., Meyer, CA, Lee, B., Zhang, Y., et al. (2011) Cistrome : une plateforme intégrative pour les études de régulation transcriptionnelle. Genome Biology, 12(8), R83. PMCID : PMC3245621
- Zhang, Y.*Liu, T.*, Meyer, CA, Eeckhoute, J., Johnson, DS, Bernstein, BE, & et al. (2008) Analyse basée sur un modèle de ChIP-Seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. PMCID : PMC2592715