Ce que nous faisons
La mission de la ressource partagée de biostatistique et de génomique statistique (BSGSR) est de collaborer à la conception, à la supervision, à la mise en œuvre, à l'analyse, à la publication et à la communication d'études scientifiques par le corps professoral et le personnel du Roswell Park Comprehensive Cancer Center.
Cela comprend l’articulation des objectifs et des hypothèses de l’étude, la rédaction de demandes de subvention, la conception de modèles et de conceptions rentables appropriés pour atteindre les objectifs de l’étude, la garantie que des méthodes statistiques modernes et appropriées sont utilisées, le suivi des analyses intermédiaires et finales et la co-rédaction de résumés et de manuscrits.
L’expertise au sein de la ressource couvre toute la gamme de la biostatistique, de l’épidémiologie moléculaire et de la génétique et génomique statistiques.
- Développement de biomarqueurs
- Méthodes de bootstrap et de rééchantillonnage
- Conception et analyse des essais cliniques
- Méthodes de calcul intensif
- Test de diagnostic
- Méthodes statistiques épidémiologiques
- Tests exacts
- Méthodes de données longitudinales
- Statistiques mathématiques
- Modélisation des erreurs de mesure
- Simulation de Monte Carlo
- Modélisation non linéaire
- Enseignement statistique
- Méthodes de survie et de données censurées
Le BSGSR comprend une expertise en génétique statistique et en génomique et collabore étroitement avec le Ressource partagée en bioinformatique et les Ressource partagée en informatique de recherche biomédicaleLes projets collaboratifs couvrent fréquemment ces quatre domaines — biostatistique, génétique et génomique, bioinformatique et développement de bases de données — et les trois équipes travaillent ensemble pour répondre aux questions scientifiques souvent superposées à l’étude.
Pour les essais cliniques, BSGSR travaille en étroite collaboration avec l'investigateur et les services de recherche clinique (CRS) sur toutes les phases d'un essai. De l'élaboration du protocole, au développement de la base de données des essais cliniques, en passant par le suivi de l'étude et les analyses intermédiaires, jusqu'aux analyses finales et aux rapports d'essai (y compris clinicaltrials.gov).
Pour demander un soutien biostatistique, veuillez faire une demande en utilisant le système de gestion des informations de laboratoire (LIMS).
Demander un support biostatistiqueEn savoir plus sur le BSGSR
Technologie
Équipement de biostatistique et de génomique statistique :
- Postes de travail pour micro-ordinateurs
- SAS® Software
- Logiciel de calcul statistique R
- Mathematica®
- Logiciel d'analyse de puissance et de taille d'échantillon PASS
- PERL
- coquille
- Tinter
- GATK
- Cluster de calcul haute performance Linux (1,600 200 processeurs, XNUMX To de stockage)
Services et frais
Les services comprennent:
- L'analyse exploratoire des données
- Rédaction de demandes de subvention (sections sur les méthodes statistiques)
- Formulation d'hypothèse
- Conception d'essais cliniques
- Conception expérimentale
- Ajuster les modèles aux données
- Développer de nouvelles méthodes statistiques
- Communication des résultats à clinicaltrials.gov
- Développer des logiciels d'exploration de données personnalisés et développer de nouvelles méthodes basées sur des technologies émergentes (par exemple, des plates-formes de puces à ADN de pointe, des méthodes statistiques gourmandes en informatique)
- Formation et éducation statistique
- Programmation statistique et développement de bases de données
- Développement de logiciels statistiques
- Présentation graphique des résultats
- Écriture de manuscrit
La priorité est accordée aux membres du Cancer Center Support Grant (CCSG) et aux chercheurs qui disposent d'un financement extérieur, d'un essai clinique approuvé ou qui préparent des protocoles et/ou des demandes de subvention.
Politique tarifaire
- Aucun frais ni rétrofacturation pour les services de conseil/développement
- Pourcentage d'effort approprié sur les subventions
Notre équipe
Kayla Catalfamo, MA
biostatisticien
Téléphone: 716-845-1300 ext. 7217
E-mail : Kayla.Catalfamo@RoswellPark.org
Adrienne Groman, MS
Biostatisticien sénior
Téléphone: 716-845-1300 ext. 6274
E-mail : Adrienne.Groman@RoswellPark.org
Zhe Jing, MA, MPH
Biostatisticien sénior
Téléphone: 716-845-1300 ext. 2589
E-mail : Zhe.Jing@RoswellPark.org
Ram Nambiar, MS
biostatisticien
Téléphone: 716-845-1300 ext. 2216
E-mail : Ram.Nambiar@RoswellPark.org
Katy Wang, MA
Biostatisticien sénior
Téléphone: 716-845-1300 ext. 6269
E-mail : Katy.Wang@RoswellPark.org
Lacey Yuan, MA
biostatisticien
Téléphone: 716-845-1300 x 2652
E-mail : Guangwei.Yuan@RoswellPark.org
Lieu et horaires
Centre de lutte contre le cancer de Roswell Park
Ressource partagée sur la biostatistique et la génomique statistique
Centre d'études et de recherche - 4e étage
Rues Elm et Carlton
Buffalo, État de New York 14263
Lundi - vendredi, 8 am - 5 pm
Cette ressource partagée est financée par le NCI P30CA16056. Les publications doivent citer la subvention principale dans la section des remerciements si elles utilisent des données générées par la ressource partagée. Deux exemplaires de la publication reconnaissant la subvention principale doivent également être soumis à l'établissement situé à Elm and Carlton Streets, Buffalo, NY 14263.
La Ressource en Biostatistique et Génomique Statistique (BSGSR) assure un soutien biostatistique facilement accessible aux collaborateurs du Roswell Park Comprehensive Cancer Center, qu'ils soient de base, cliniques ou axés sur la population. Ses services comprennent l'analyse exploratoire des données, la rédaction de demandes de subvention, la formulation d'hypothèses, la conception expérimentale, l'adaptation des modèles aux données, la simulation de données issues de modèles et le développement de nouvelles méthodes basées sur les technologies émergentes. De plus, la BSGSR développe de nouvelles méthodologies statistiques et applications logicielles pour l'analyse des données générées par des expériences utilisant les biotechnologies émergentes. Elle contribuera également au développement et à la conception optimale des biotechnologies émergentes à Roswell Park.
publications sélectionnées
- Hutson, A. et Yu, H. (2021) Un test de permutation robuste pour le coefficient de corrélation de concordance. Pharmaceutical Statistics (sous presse). …disponible en ligne
- Hutson, AD et Vexler, A. (2018) Mise en garde sur les familles bêta de distributions et les alias qu'elles contiennent. The American Statistician, 72 121-129.
- Mark Farrugia, Han Yu, Sung Jun Ma, Austin J. Iovoli, Kristopher Attwood, Kimberly E. Wooten, Hassan Arshad, Vishal Gupta, Ryan P. McSpadden, Moni A. Kuriakose, Micheal R. Markiewicz, Jon M. Chan, Wesley L. Hicks Jr, Mary E. Platek, Andrew D. Ray, Elizabeth A. Repasky, Anurag K. Singh. Une composante principale des mesures de la qualité de vie est associée à la survie des patients atteints d'un cancer de la tête et du cou traités par radiothérapie. Cancers. (Sous presse). https://doi.org/10.3390/cancers13051155
- Ranjan Pathak, Gilberto De Lima Lopes, Han Yu, Madan Raj Aryal, Wenyan Ji, Katherine Stemmer Frumento, Christopher JD Wallis, Zachary Klaassen, Henry S Park, Sarah B Goldberg. Efficacité comparative de la chimio-immunothérapie par rapport à l'immunothérapie pour le cancer du poumon non à petites cellules avancé : une méta-analyse en réseau d'essais randomisés. Cancer. 2021 ; 127(5) : 709-719. PMID : 33119177
- Mi Yang et Francesca Petralia, Zhi Li, Hongyang Li, Weiping Ma, Xiaoyu Song, Sunkyu Kim, Heewon Lee, Han Yu, Bora Lee, Seohui Bae, Eunji Heo, Jan Kaczmarczyk, Piotr Stepniak, Michal Warchol, Thomas Yu, Anna P. Calinawan, Paul C. Boutros, Samuel H. Payne, Boris Reva, NCI-CPTAC-DREAM Consortium, Emily Boja, Henry Rodriguez, Gustavo Stolovitzky, Yuanfang Guan, Jaewoo Kang, Pei Wang, David Fenyo, Julio Saez-Rodriguez. Évaluation communautaire de la prévisibilité des taux de protéines et de phosphoprotéines cancéreuses à partir de la génomique et de la transcriptomique. Cell Systems. 2020 ; 11 (2), 186-195. PMID : 32710834
- Han Yu, Janhavi Moharil, Rachael Hageman Blair. BayesNetBP : un package R pour le raisonnement probabiliste dans les réseaux bayésiens. Journal of Statistical Software. 2020 ; 94(3), 1–31.
- Lina Mu, Zhongzheng Niu, Rachael Hageman Blair, Han Yu, Richard W Browne, Matthew R Bonner, Tiffany Fanter, Furong Deng, Mya Swanson. Profils métabolomiques avant, pendant et après les Jeux olympiques de Pékin : une étude par panel des différences intra-individuelles pendant les périodes de pollution atmosphérique élevée et faible. Perspectives en matière de santé environnementale. Environmental Health Perspectives. 2019 ; 127(5) : 057010. PMID : 3114088
- Zhu et al. Le séquençage de l'exome entier des familles atteintes du cancer de l'ovaire révèle des gènes de prédisposition putatifs. Revue internationale du cancer. 2020.
- Yao et Zhu et al. Ascendance génétique et toxicités squelettiques chez les patients atteints de leucémie aiguë lymphoblastique infantile dans la cohorte DFCI 05-001. Blood Advances. 2020
- Attwood K et Tian L. Estimation de l'intervalle de confiance de l'indice de Youden et du seuil correspondant pour une combinaison de biomarqueurs dans des conditions de normalité. Communications en statistique – Théorie et méthodes. 2020. DOI : 10.1080/03610926.2020.1751852.
- Zsiros E, Lynam S, Attwood KM, Wang C, Chilakapati S, Cortes Gomez E, Liu S, Akers S, Lele S, Frederick PJ et Odunsi K. Efficacité et sécurité du pembrolizumab en association avec le bévacizumab et le cyclophosphamide métronomique oral dans le traitement du cancer de l'ovaire récurrent : un essai clinique non randomisé de phase 2. JAMA Oncology 2021 ; 7(1) : 78-85.
- Shah R, Attwood K, Arya S, Hall DE, Johanning JM, Gabriel E, Visioni A, Nurkin S, Kukar M, Hochwald S et Massarweh NN. Association de la fragilité avec l'échec du sauvetage après une chirurgie à faible risque et à haut risque en milieu hospitalier. JAMA Surgery. 2018 ; 153(3) : e180214.