Biobanque et services de laboratoire (BLS)

Nous achetons, traitons et stockons du sang périphérique, de la moelle osseuse et d'autres échantillons biologiques de patients atteints de diverses tumeurs malignes solides et hématologiques pour les chercheurs de Roswell Park et d'autres institutions. Nous nous efforçons de fournir des échantillons rigoureusement collectés, traités et stockés afin que l'intégrité des analytes potentiels soit cohérente chez tous les patients et témoins. Les échantillons sont prélevés et envoyés au laboratoire BLS pour être transformés en sérum, plasma, couche leucocytaire, cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC), cellules mononucléaires de la moelle osseuse (BMMC) et ADN génomique.

L'ADN génomique est facilement disponible à partir du sang extrait à l'aide d'un extracteur nucléique Autogen XTRACT 16+ qui permet une extraction rapide jusqu'à 48 échantillons par jour, un fluoromètre Qubit de ThermoFisher qui facilite la quantification et l'évaluation précises de l'ADN double brin.

Les échantillons sont traités selon des procédures opérationnelles standard strictes et stockés dans des conteneurs à code-barres qui sont liés et gérés dans notre système de gestion des informations de laboratoire (LIMS). La banque de liquides contient plus de 1.3 million de sang et/ou d'autres types d'échantillons provenant de plus de 43,000 220,000 patients et témoins sains. Cela comprend plus de 1991 2003 échantillons de moelle et de sang cryoconservés provenant de patients atteints d'hémopathies malignes remontant à XNUMX. La mise en banque d'échantillons de sang provenant de patients atteints de tumeurs solides a commencé en XNUMX. Tous les échantillons sont accompagnés de données cliniques associées.

Tissu

Des échantillons biologiques sont disponibles pour les tissus frais, congelés et fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFPE) collectés par le laboratoire d'approvisionnement en tissus. Les microréseaux de tissus (TMA) sont construits à l'aide des blocs restants des ressources d'archives du département de pathologie (PAR). Tous les tissus utilisés pour la recherche sont collectés conformément au protocole I 115707 relatif aux tissus restants. Actuellement, des échantillons de tissus sont demandés et envoyés à Genomics Shared Resource pour extraire l'ADN ou l'ARN.

ADN et ARN

L'ADN et l'ARN sont isolés à partir de tumeurs et de tissus non tumoraux correspondants dans la biobanque. L'ADN et l'ARN sont principalement extraits d'échantillons de tissus congelés, mais l'ADN peut également être extrait de tissus FFPE. Tous les échantillons sont soumis à un contrôle qualité après extraction pour confirmer que l'ADN est de haute qualité.

Tissu FFPE

Les blocs de tissus chirurgicaux fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) sont archivés et peuvent être consultés à des fins de recherche. Nos archives de tissus en paraffine sont vastes, avec environ plus de 200,000 1993 cas remontant à XNUMX. Cette base de données peut être consultée électroniquement et utilisée à des fins de recherche.

Tissus frais et congelés

Les tissus frais et congelés provenant d'échantillons chirurgicaux peuvent être distribués à des fins de recherche. Nos échantillons biologiques sont obtenus par des assistants en pathologie certifiés, puis stockés dans des congélateurs à -80 °C protégés par des systèmes de surveillance de pointe et des horaires de contact d'urgence 24 heures sur 7, XNUMX jours sur XNUMX.

Les demandes de tissus frais ou congelés sont guidées par le système de gestion des informations de laboratoire (LIMS) et sont intégrées à d'autres installations de ressources partagées (par exemple, la ressource partagée de génomique).

Le nombre de biospécimens disponibles dans la biobanque varie selon le site de la maladie et leur utilisation. Des détails spécifiques sur les échantillons de la biobanque, notamment l'inventaire, les événements chirurgicaux, les dimensions de la tumeur et le nombre de tissus obtenus, mis en banque et distribués par site de la maladie sont disponibles sur le site Tableau de bord LIMS. Utilisateurs externes, veuillez contacter BLSAdmin@RoswellPark.org pour plus d'informations.

Bibliothèque TMA

Les microréseaux tissulaires (TMA) sont construits en utilisant une aiguille creuse pour prélever de très petits noyaux de tissu de plusieurs tumeurs d'intérêt qui sont ensuite insérés dans un bloc de paraffine receveur de manière ordonnée. Ce format permet le criblage d'un grand nombre d'échantillons de patients sur une seule lame. Les TMA sont un moyen efficace et efficient de cribler des biomarqueurs potentiels et sont généralement utilisés en conjonction avec la coloration immunohistochimique (IHC) ou l'hybridation in situ fluorescente.

Le BLS a construit plus de 200 blocs différents représentant une grande variété de maladies et de types de tissus provenant de plus de 16,000 XNUMX patients.

Le service d'histologie est un laboratoire centralisé qui fournit des services de traitement et d'inclusion de tissus standard, de cryotomie, de microtomie, de coloration histologique générale, d'optimisation des anticorps et d'immunohistochimie (IHC) pour les tissus humains et animaux. Le personnel d'histologie travaille en étroite collaboration avec le Ressource partagée en informatique de recherche biomédicale (BRISR) et d'autres laboratoires de ressources partagées pour identifier les ensembles d'échantillons, puis effectuer la coloration requise pour les études de recherche qui utilisent l'IHC. Le laboratoire utilise plusieurs auto-colorateurs pour une coloration IHC cohérente et à haut débit. Les procédures de coloration des anticorps et les lames IHC sont régulièrement examinées par un pathologiste pour le contrôle de la qualité. Le service d'histologie élargit continuellement le répertoire des protocoles d'anticorps et compte plus de 500 procédures.

Les services d'histologie suivants sont fournis par le service d'histologie :

• Coloration immunohistochimique
• Optimisation des anticorps pour l'immunohistochimie
• Coloration à l'hématoxyline et à l'éosine
• Coloration histologique spéciale (par exemple, GMS, trichrome de Masson, PAS)
• Cryotomie
• Microtomie
• Enrobage en paraffine
• Traitement standard des tissus
• Construction TMA personnalisée (échantillons de modèles humains ou précliniques)
• Préparation de tissus pour Visium (collaboration avec Genomics Shared Resource)
• Préparation de tissus pour Phenocycler (collaboration avec Flow and Immune Analysis Shared Resource)
• Carottage d'aiguille stérile pour l'isolement de l'ADN/ARN

Le laboratoire d'imagerie et d'analyse utilise un Aperio^® Scanner de diapositives AT2. La numérisation de diapositives permet aux enquêteurs d'accéder facilement à leurs images numériques de diapositives depuis n'importe où grâce à Aperio^® eSlide Manager, un système de gestion des informations de pathologie numérique basé sur le Web. L'annotation des diapositives numériques peut être effectuée via une plateforme numérique utilisant Aperio^® ImageScope. Il permet aux chercheurs de créer des images numériques destinées à des publications et facilite les collaborations interinstitutionnelles en permettant un partage rapide et facile des informations sur les images numériques.

Système AT2

L'AT2 est un système de numérisation ultra-rapide et haute capacité avec une capacité de 400 diapositives. Ce système crée des images numériques à partir de lames de verre avec une qualité d'image supérieure et comprend les fonctionnalités suivantes :

• Capacités de grossissement de numérisation 20X et 40X
• Créez des diapositives numériques dans plusieurs formats (SVS, JPEG, TIFF, diapositive Web composite)
• Affichez et modifiez des diapositives numériques avec le logiciel de visualisation ImageScope convivial et téléchargeable gratuitement
• Connectez plusieurs parties distantes via des conférences de diapositives numériques.

Logiciel ImageScope

ImageScope est un logiciel de visualisation de diapositives numériques téléchargeable gratuitement. ImageScope est facile à utiliser et met à votre disposition de nombreuses fonctionnalités puissantes.

• Affichez des diapositives numériques à partir de n'importe quel poste de travail sur le réseau ; cela élimine le besoin de transporter physiquement les diapositives en verre et de zoomer instantanément sur n'importe quelle zone de la diapositive.
• Conférence Web intégrée : partage de diapositives numériques en temps réel et discussion dans plusieurs emplacements distants.
• Visualisez plusieurs diapositives numériques simultanément.
• Appliquez des réglages d'image en temps réel pour le contraste, la luminosité et le gamma.
• Analysez des diapositives numériques entières ou des régions sélectionnées.
• Ajoutez des annotations graphiques et textuelles aux diapositives numériques.
• Utilisez la règle intégrée pour effectuer des mesures sur place.
• Enregistrer une région ou des régions sélectionnées d'une diapositive numérique dans un fichier.
• Permet aux chercheurs de créer des images numériques pour publication et de faciliter la collaboration interinstitutionnelle en offrant un partage rapide et facile des informations sur les images numériques.
• ImageScope permet également de visualiser côte à côte plusieurs lames, ce qui n'est pas possible avec les lames en verre traditionnelles. De plus, la fonction SmartSync™ d'Aperio permet de comparer facilement différentes sections d'un même bloc de tissu, même lorsque les sections sont tournées ou déplacées les unes par rapport aux autres.

Gestionnaire de diapositives Leica eSlide (eSlide)

eSlide est un système de gestion d'informations et d'imagerie de pathologie numérique basé sur le Web. L'accès à eSlide peut être accordé en remplissant une demande. Si vous souhaitez demander l'accès à eSlide, contactez BLSImaging@RoswellPark.org.

Analyse d'images automatisée

L'analyse d'images est un service également fourni par le BLS. Les algorithmes peuvent être personnalisés pour affiner les paramètres cellulaires, nucléaires et de coloration, créant une macro d'algorithme optimisée pour chaque cible d'anticorps et type de tissu afin de sélectionner les cellules d'intérêt. L'image de la lame numérique d'origine n'est jamais modifiée. Au lieu de cela, une couche d'annotation avec l'image de balisage et les données quantitatives est créée et liée à l'image numérique. Actuellement, nous avons un employé à temps plein avec une expertise dans l'analyse de lames numériques. Le BLS effectue l'analyse d'images pour les lames colorées par IHC uniquement. L'expression nucléaire, cytoplasmique et membranaire peut être notée individuellement ou dans n'importe quelle combinaison. L'analyse vasculaire peut être effectuée et personnalisée pour calculer des vaisseaux spécifiques en modifiant les paramètres de taille des vaisseaux. Certaines colorations doubles peuvent également être analysées avec ce système en fonction du type de coloration et de cible.

Données épidémiologiques

Au moment du consentement, les participants (patients ou non-patients/témoins) sont invités à remplir un questionnaire épidémiologique auto-administré disponible en ligne ou en version papier. Le questionnaire contient plus de 1,100 XNUMX questions, dont :

• Démographie et contexte
• Antécédents personnels et familiaux de cancer et d'autres affections
• Antécédents médicaux et dépistage du cancer
• Mode de vie (tabagisme, alimentation, activité physique, alcool, cannabis)
• Utilisation de suppléments et de médicaments

Le dictionnaire des données du questionnaire et les livres de codes sont à la disposition des chercheurs pour la planification et l'analyse de la recherche.

Les données cliniques

Chaque échantillon prélevé auprès des patients est accompagné de données cliniques disponibles. Les données cliniques sont disponibles auprès des gestionnaires de données spécifiques à la maladie, du BRISR et des gestionnaires de données du BLS. Les données disponibles comprennent :

• Données du registre du cancer de Roswell Park avec informations de base sur la tumeur, le traitement et les détails de la première récidive. Les données collectées comprennent : la date du diagnostic, la latéralité, l'histologie, le comportement, le grade, la taille de la tumeur, le stade clinique et pathologique, les sites distants, les marqueurs tumoraux, la date de l'intervention, la pathologie et la récidive (à la date de prélèvement de l'échantillon).
• Dossier médical électronique : comprend le traitement médicamenteux, les informations sur le patient (taille, poids, IMC, tension artérielle, etc.), les visites, les ordonnances (scanners, endoscopies, tests, procédures, etc.), les comorbidités, les antécédents familiaux, le caryotype, le profil mutationnel et les résultats.
• Abstraction supplémentaire du dossier médical
• Services de courtage honnêtes
• Liaison et désidentification des données et stockage des fichiers de données d'étude