Ce que nous faisons

L'équipe BRISR

Le Biomedical Research Informatics Shared Resource (BRISR) propose des consultations et des services aux chercheurs et aux équipes d'étude dans les domaines de la recherche clinique, de l'informatique et de la science des données. Le BRISR aide les chercheurs à exploiter les ressources de données internes et externes et à fournir des solutions informatiques pour la recherche clinique et translationnelle au Roswell Park Comprehensive Cancer Center. 

Nous proposons l'infrastructure et les processus nécessaires à l'établissement et au suivi des normes, de la qualité, de l'intégration et de la distribution des données au sein de Roswell Park, avec pour objectif de rendre la recherche accessible, interopérable, réutilisable et facile à trouver (principes FAIR). De plus, le BRISR offre des opportunités de formation et d'enseignement. Nos services s'articulent autour de trois axes principaux : (1) la gestion et la diffusion des données cliniques pour la recherche , (2) le développement de logiciels sur mesure pour la recherche et (3) l'analyse par intelligence artificielle pour la recherche clinique et bioinformatique.

Gestion et diffusion des données cliniques pour la recherche

Gestion et diffusion des données cliniques pour la recherche : Nous offrons un accès structuré à des données cliniques fiables et en temps réel pour le développement d’études non interventionnelles à Roswell Park. Les données sont diffusées conformément à la loi HIPAA et nous veillons au respect de toutes les réglementations et normes de sécurité des données afin de garantir la confidentialité des données de nos patients. L’équipe BRISR collabore étroitement avec les biobanques de Roswell Park pour annoter les échantillons biologiques et faciliter l’identification des cohortes de patients et la sélection des cas. Notre accès à des données cliniques détaillées peut être combiné aux échantillons biologiques provenant du service partagé de bioréférentiel et de laboratoire (BLS), répondant ainsi aux besoins en données des chercheurs menant des études précliniques.

Services spécifiques que nous offrons :

  • Demandes de données cliniques
  • Sélection de cohorte
  • Conception de l'enquête/des données REDCap
  • Services de courtier honnêtes
  • Soutien à la demande de subvention
  • Normalisation et harmonisation des données

Développement de logiciels personnalisés pour la recherche

Nous travaillons avec des chercheurs pour développer et mettre en œuvre des outils et des bases de données personnalisés afin de rationaliser la collecte, l'organisation, la validation, l'analyse et la visualisation des données. Cela permet de rationaliser les processus qui contribuent à l'avancement de la compréhension scientifique ou de l'efficacité. Nous travaillons également avec Research IT pour développer des plateformes informatiques afin de soutenir les objectifs institutionnels plus larges. Parmi les exemples, citons la base de données internationale Stacey Scott Lung Cancer Registry, la plateforme nSight pour la recherche de données cliniques anonymisées à Roswell Park, le projet REVEAL pour l'analyse et l'interrogation des rapports de pathologie et le VisPortal pour la visualisation des données génomiques unicellulaires de Roswell Park.

Analyse de l'intelligence artificielle pour la recherche clinique et bioinformatique

Nous proposons des consultations et des services de recherche collaborative pour les solutions d'apprentissage automatique et en profondeur pour la recherche clinique et bioinformatique. Notre objectif est de développer, grâce à la science d'équipe, l'intelligence artificielle et les méthodes de calcul à haut débit qui élèvent les programmes de recherche de Roswell Park et fournissent des informations cliniques et biologiques significatives. Notre personnel est formé à l'intelligence artificielle statistique et informatique et peut fournir des informations sur les méthodologies de pointe.

Données cliniques disponibles pour les chercheurs :

  • Registre du cancer : Les tumeurs diagnostiquées et traitées ici à Roswell Park sont conservées dans un registre, donnant accès aux informations de base sur la tumeur, au traitement et aux détails de la première récidive.
  • Dossier médical électronique : Comprend le traitement médicamenteux à Roswell Park, les signes vitaux des patients (taille, poids, IMC, tension artérielle, etc.), les visites, les ordonnances (scanners, endoscopes, tests, etc.), les comorbidités et les antécédents familiaux.
  • Base de données financières : Données de facturation qui aident à identifier les procédures, les traitements et autres informations pour chaque patient.
  • Résultats du laboratoire Cerner : Informations provenant des analyses sanguines et autres analyses de laboratoire effectuées à Roswell Park, telles que les analyses d'urine et les cultures.
  • Résultats d'OmniSeq et de Foundation Medicine : Résultats de tous les panels cliniquement ordonnés tels que le panel complet OmniSeq et le rapport immunitaire.

Logiciels et outils informatiques

Une casquette rouge

REDCap est une application web sécurisée permettant de créer et de gérer des enquêtes et des bases de données en ligne. Elle est accessible à tous les chercheurs de Roswell Park à l'adresse suivante : https://redcapweb.roswellpark.org

nVue

nSight™ est un outil Web qui permet aux utilisateurs de Roswell d'explorer/analyser diverses sources de données pour aider à développer des cohortes de recherche pour des idées de recherche, des subventions connexes, des plans d'études et des publications.

Foire aux questions

Le personnel de la ressource partagée en informatique de recherche biomédicale (BRISR) a accès à un éventail de sources de données. Veuillez nous contacter pour discuter de vos besoins de recherche et de la manière dont nous pouvons vous aider ! Voici un résumé de ce à quoi nous avons actuellement accès :

  • Données du registre du cancer de Roswell Park
  • Résultats de laboratoire (effectués à Roswell Park)
  • Prescriptions prescrites à Roswell Park
  • Médicaments administrés à Roswell Park (ex. perfusions)
  • Problèmes de santé des patients et antécédents familiaux
  • Système de facturation financière
  • Résultats génomiques des tests prescrits cliniquement
  • Articles commandés via les dossiers médicaux électroniques (ex. : scanners, endoscopes, consultations, etc.)

Un protocole est requis pour que le personnel du BRISR puisse fournir des données cliniques pour un projet de recherche. Si vous souhaitez obtenir des informations préliminaires pour déterminer si un projet est réalisable, nous pouvons vous fournir des chiffres potentiels et des informations de base sans protocole approuvé. Veuillez nous contacter pour plus d'informations.

Les frais facturés à un enquêteur sont ceux des services de recouvrement des coûts. Nous facturons les efforts nécessaires à l'accès, à l'extraction et au traitement des données ou à tout service fourni, les frais étant basés sur le temps nécessaire pour effectuer ces services. Veuillez nous contacter pour obtenir une estimation des coûts.

Notre équipe

Kelly Jans, M.Sc.
Directeur de la gestion des données

Philip Whalen, MA
Directeur du développement logiciel

Jessica Michnik-Rubinstein, MS
Programmeur

Megan Wansart, MPH
Analyste de données

Tyce Schneider, BS
Gestionnaire de données II

Philippa Doherty, MS
Programmeur

Bryanna Globe, B.A.
Gestionnaire de données II

Ravi Dayani, M.Sc.
Programmeur

Tara Brenan
Programmeur

Bilal Plutôt
Boursier postdoctoral

Contactez-nous

Veuillez contacter le bureau du BRISR au 716-845-2270 ou par courriel à BRISR@RoswellPark.org

Sarah Mullin, Ph. D.
Directeur
Tel. : 716-845-1300, poste 4239
Courriel : Sarah.Falls@RoswellPark.org

Kelly Jans
Directeur de la gestion des données
Tel. : 716-845-1014
Courriel : Kelly.Jans@RoswellPark.org

Philippe Whalen
Directeur du développement logiciel
Tel. : 716-845-7197
Courriel : Philip.Whalen@RoswellPark.org

Lieu et horaires

Centre de lutte contre le cancer de Roswell Park
Ressource partagée en informatique de recherche biomédicale
Centre d'études et de recherche, salle 404
Rues Elm et Carlton
Buffalo, État de New York 14263

Lundi - vendredi, 8 h - 4 h 30

Les services de livraison de données cliniques et de courtage honnête pour cette étude ont été fournis par la Biomedical Research Informatics Shared Resource, financée par le NCI P30CA16056 et qui est une ressource partagée du Roswell Park Comprehensive Cancer Center Cancer Center Support Grant. Deux exemplaires de la publication reconnaissant la subvention de base doivent également être envoyés à l'établissement situé à Elm & Carlton Streets, Buffalo, NY 14263.

Publications

  • Suresh K, Lugade A, Miller A, Iyer R, Thanavala Y. Des fréquences plus élevées de cellules T régulatrices GARP(+)CTLA-4(+)Foxp3(+) et de cellules suppressives dérivées des myéloïdes chez les patients atteints d'un carcinome hépatocellulaire sont associées à une altération de la fonctionnalité des cellules T. Cancer Res 2013 ; 73(8) : 2435-2444. PMC3645275
  • Koboldt DC, Fulton RS, McLellan MD,…, CD Morrison, Gaudioso C, et al. Portraits moléculaires complets des tumeurs mammaires humaines. Nature. 2012 ; 7418(490) : 61-70. PMCID : PMC3465532
  • Hammerman PS, Lawrence MS, Voet D,…, CD Morrison, Gaudioso C, et al. Caractérisation génomique complète des cancers épidermoïdes du poumon. Nature. 2012 ; 7417(489) : 519-525. PMCID : PMC3466113
  • Bell D, Berchuck A, Birrer M, Chien J,…, CD Morrison, Gaudioso C, et al. Analyses génomiques intégrées du carcinome ovarien. Nature. 2011; 7353(474): 609-615. PMCID: PMC3163504
  • Yang N, CD de Morrison, Liu P, Miecznikowski J, Bshara W, Han S, Zhu Q, Omilian AR, Li X, Zhang J. TAZ induit une prolifération indépendante du facteur de croissance par l'activation du ligand EGFR amphiréguline. Cell Cycle 2012; 15(11): 2922-2930. PMCID: PMC3419062
  • Warren G, Kasza K, Reid M, Cummings K, Maréchal J. Tabagisme au moment du diagnostic et survie des patients atteints de cancer. Int J Cancer 2013; 132(2): 401-410.
  • Zeitouni N, Paquette A, Housel J, Shi Y, G sauvageon, Favoriser TH, Henderson B. Une étude rétrospective du contrôle de la douleur par un programme d'irradiation en deux étapes au cours d'une thérapie photodynamique topique à l'ALA pour le cancer de la peau autre que le mélanome. Lasers Surg Med 2013 ; 45(2) : 89-94. PMC3685854
  • Roberts M, Hong C, Bord S, Yao S, Bshara W, Higgins M, Freudenheim JL, Ambrosone CAnalyses de cas uniquement des associations entre les polymorphismes des gènes modificateurs des métastases BRMS1 et SIPA1 et les caractéristiques des tumeurs mammaires, les métastases ganglionnaires et la survie. Breast Cancer Res Treat 2013 ; 139(3) : 873-885. PMC3819326
  • Bharthuar A, Khorana AA, Hutson A, Wang JG, Key NS, Mackman N, Jean-Pierre L. Facteur tissulaire microparticulaire circulant, thromboembolie et survie dans les cancers pancréaticobiliaires. Thromb Res 2013; 132(2): 180-184