Nous avons conçu le Christmas Light Plot (CLP) pour une visualisation facile des néoantigènes identifiés (ci-dessous). Le CLP intègre des critères prédéfinis pour la priorisation des néoantigènes, notamment les affinités de liaison au CMH, le niveau d'expression, les types de classes HLA et le statut clonal mutant.
- Axe X: Fraction d'allèle variant (VAF) dans WES, qui peut être utilisée pour déduire le statut clonal
- Axe Y:L'affinité de liaison prédite du peptide mutant
Chaque point représente un néoantigène avec les caractéristiques suivantes affichées :
- Taille:Le niveau d'expression des gènes par RNASeq ; forme – classes de liaison HLA (I, II ou les deux)
- Barre verticale:La différence entre les affinités de liaison des mutants et des types sauvages
- Couleur: Stratifié en fonction de la liaison mutante par rapport au type sauvage et du niveau d'expression mutante
Les symboles génétiques sont affichés pour les néoantigènes sélectionnés pour le dépistage.
Articles sélectionnés
Yang Y, Jain RK, Glenn ST, Xu B, Singh PK, Wei L, Hu Q, Long M, Hutson N, Wang J, Battaglia S, George S. Réponse complète à un anticorps anti-PD-L1 dans un cancer de la vessie métastatique associé à une nouvelle mutation MSH4 et à une instabilité microsatellitaire . J Immunother Cancer. 2020 mars;8(1):e000128. doi: 10.1136/jitc-2019-000128. PMID: 32221012; PMCID: PMC7206971.
Liu S, Matsuzaki J, Wei L, Tsuji T, Battaglia S, Hu Q, Cortes E, Wong L, Yan L, Long M, Miliotto A, Bateman NW, Lele SB, Chodon T, Koya RC, Yao S, Zhu Q, Conrads TP, Wang J, Maxwell GL, Lugade AA, Odunsi K. Identification efficace des réponses des lymphocytes T spécifiques des néoantigènes dans le cancer de l'ovaire humain avancé . J Immunother Cancer. 2019 Jun 20;7(1):156. doi: 10.1186/s40425-019-0629-6. PMID: 31221207; PMCID: PMC6587259.