Exploration de la génomique du cancer
En tant que biologiste computationnel, mes recherches se concentrent sur la compréhension des mécanismes d'initiation, de progression et de pronostic du cancer en développant et en utilisant des méthodes informatiques.
Mes domaines de recherche récents incluent :
- Identification des mutations motrices, de l'étiologie, du mécanisme et de l'hétérogénéité dans les génomes cancéreux humains et murins
- Détection ultra-sensible des lésions cancéreuses et précancéreuses grâce aux mutations somatiques
- Développer des logiciels informatiques open source innovants et intégratifs pour l'analyse des données génomiques
- Interprétation précise des variantes génomiques complexes grâce à des annotations tenant compte des haplotypes
Les recherches en cours
Génomique du cancer et évolution des tumeurs
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est désormais largement accessible dans les laboratoires de recherche et cliniques. En utilisant le séquençage du génome entier, de l'exome entier et du transcriptome, nous pouvons détecter différents types de variants.
Détection ultra-sensible des mutations dans les tissus tumoraux et normaux
Nous avons mené des études innovantes visant à étendre nos limites de détection aux mutations à très basse fréquence (< 5 %), qui sont importantes pour la détection précoce du cancer et la surveillance des maladies résiduelles.
Néoantigènes spécifiques aux tumeurs pour l'immunoprofilage
Nous avons conçu le Christmas Light Plot (CLP) pour une visualisation facile des néoantigènes identifiés. Le CLP intègre des critères prédéfinis pour la priorisation des néoantigènes.
Paysages mutationnels dans les modèles précliniques
Les analyses des mutations somatiques de la souris posent un défi unique en raison du contexte génétique diversifié dans les modèles GEM et de la contamination stromale de la souris dans les modèles PDX.
Ressource partagée en bioinformatique
Le Dr Wei est codirecteur de cette installation scientifique de base.
Voir la ressource partagéeL'équipe du Wei Lab
Notre laboratoire est composé des meilleurs et des plus brillants collaborateurs.
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Tel. : 716-845-1176
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Localisation du laboratoire : Centre d'études et de recherche (CÉR) 4th sol
Département de Biostatistique et Bioinformatique
Centre de lutte contre le cancer de Roswell Park
Rues Elm et Carlton
Buffalo, NY 14263