Positions
Centre de lutte contre le cancer de Roswell Park
- Professeur agrégé d'oncologie
- Codirecteur, Ressources de base en bioinformatique
- Département de Biostatistique et Bioinformatique
Présentation
Éducation et formation
- Doctorat - Bioinformatique et biologie computationnelle, Université d'État de l'Iowa, Ames, IA
- MS - Botanique, Bioinformatique, Université de Pékin, Beijing, Chine
- BS - Biologie moléculaire et développementale des plantes, Université de Pékin, Beijing, Chine
Aperçu de la recherche
Mes principaux intérêts sont axés sur l'analyse de données omiques à grande échelle issues de biotechnologies de pointe à l'aide de méthodes informatiques et statistiques. Mes intérêts de recherche comprennent i) l'identification sensible des variations de structure à partir de données de séquençage de nouvelle génération ; ii) l'inférence statistique et l'identification des variantes de calcul (isoformes, SNV, SV) des données RNASeq ; iii) l'étude intégrée des données génomiques, épigénétiques et protéomiques. Un certain nombre de méthodes et d'outils ont été développés ou sont en cours de développement pour l'analyse informatique des données de nouvelle génération à l'aide de l'inférence statistique. Nous avons également appliqué ces méthodes à des études sur la génétique du cancer qui ont révélé de nombreuses découvertes nouvelles (voir la liste des publications). En tant que nouveau laboratoire, notre groupe coopère avec différents groupes pour travailler sur une nouvelle méthodologie et une analyse de données à haut débit.
Publications
- Cheung NK, Zhang J, Lu C, Parker M, Bahrami A, Tickoo SK, Heguy A, Pappo AS, Federico S, Dalton J, Cheung IY, Ding L, Fulton R, Wang J, Chen X, Becksfort J, Wu J, Billups CA, Ellison D, Mardis ER, Wilson RK, Downing JR, Dyer MA, St Jude Children's Research Hospital-Washington University Pediatric Cancer Genome Project. Association entre l'âge au moment du diagnostic et les mutations génétiques chez les patients atteints de neuroblastome. JAMA : The Journal of the American Medical Association 2012 ; 307(10) : 1062-1071
- Zhang J, Benavente CA, McEvoy J, Flores-Otero J, Ding L, Chen X, Ulyanov A, Wu G, Wilson M, Wang J, Brennan R, Rusch M, Manning AL, Ma J, Easton J, Shurtleff S, Mullighan C, Pounds S, Mukatira S, Gupta P, Neale G, Zhao D, Lu C, Fulton RS, Fulton LL, Hong X, Dooling DJ, Ochoa K, Naeve C, Dyson NJ, Mardis ER, Bahrami A, Ellison D , Wilson RK, Downing JR, Dyer MA. Une nouvelle thérapie contre le rétinoblastome à partir d'analyses génomiques et épigénétiques. Nature 2012 ; 481(7381):329-334
- Zhang J, Ding L, Holmfeldt L, Wu G, Heatley SL, Payne-Turner D, Easton J, Chen X, Wang J, Rusch M, Lu C, Chen SC, Wei L, Collins-Underwood JR, Ma J, Roberts KG, Pounds SB, Ulyanov A, Becksfort J, Gupta P, Huether R, Kriwacki RW, Parker M, McGoldrick DJ, Zhao D, Alford D, Espy S, Bobba KC, Song G, Pei D, Cheng C, Roberts S, Barbato MI, Campana D, Coustan-Smith E, Shurtleff SA, Raimondi SC, Kleppe M, Cools J, Shimano KA, Hermiston ML, Doulatov S, Eppert K, Laurenti E, Notta F, Dick JE, Basso G, Hunger SP, Loh ML, Devidas M, Wood B, Winter S, Dunsmore KP, Fulton RS, Fulton LL, Hong X, Harris CC, Dooling DJ, Ochoa K, Johnson KJ, Obenauer JC, Evans WE, Pui CH, Naeve CW, Ley TJ, Mardis ER, Wilson RK, Downing JR, Mullighan CG. La base génétique des lymphocytes T précoces leucémie lymphoblastique aiguë précurseur. Nature 2012; 481(7380):157-163