Especializado en:
- Bioinformática
- Biología Computacional
Intereses de investigación:
- Desarrollo de algoritmos bioinformáticos
Biografía
Me uní al Roswell Park Comprehensive Cancer Center en 2019. Antes de eso, fui profesor asistente en el Departamento de Bioquímica de la Universidad de Buffalo desde 2013. Mi grupo de investigación se centra en la creación de algoritmos bioinformáticos para ensayos genómicos de células individuales para estudiar los mecanismos reguladores transcripcionales y epigenéticos y la influencia de las variaciones genéticas en los elementos reguladores. Antes de mi carrera como miembro de la facultad, fui becario postdoctoral en el Dana-Farber Cancer Institute, donde tuve una amplia experiencia trabajando en el Grupo de Trabajo de Análisis del consorcio ENCODE y modENCODE. Desarrollé y mantengo algoritmos de código abierto ampliamente utilizados, incluido MACS (citado más de 5,000 veces según Google Scholar) para analizar datos de ChIP-seq y Galaxia / Cistrome / Cistrome, que cuenta con más de 3,000 usuarios. Soy autor o coautor de más de 40 publicaciones metodológicas y colaborativas revisadas por pares.
puestos de trabajo
Centro integral de cáncer de Roswell Park
- Profesor Asociado de Oncología
- Genómica del cáncer y oncología computacional
- Departamento de Bioestadística y Bioinformática
Facultad de Medicina y Ciencias Biomédicas Jacobs, Universidad de Buffalo
- Asistente de investigación
- Profesor de Bioquímica
Fondo
Educación y Entrenamiento
- 2007 - Doctorado - Bioinformática, Instituto de Biofísica, Academia China de Ciencias, Beijing, China
- 2002 - Licenciatura en Física, Universidad de Nanjing, China
Compañerismo
- 2007-2012 - Becario de investigación postdoctoral en bioinformática, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA
Experiencia profesional
- 2007-2012 - Becario de investigación postdoctoral, Instituto de Cáncer Dana-Farber, Boston, MA
- 2012-2019 - Profesor adjunto, Departamento de Bioquímica, Universidad de Buffalo, Buffalo, NY
honores y reconocimientos
- 2002 - Premio a la excelencia en la enseñanza superior, Escuela de Posgrado de la Academia China de Ciencias
- 2000 - Premio al estudiante excelente, Universidad de Nanjing
- 2009 - Ganador del desafío comunitario ChIP-seq organizado por SeqAnswer
Resumen de la investigación
Mi interés de investigación a largo plazo es desarrollar y aplicar métodos computacionales para estudiar la regulación transcripcional y epigenética. Mi grupo en el Roswell Park Comprehensive Cancer Center se centra en la creación de algoritmos bioinformáticos para ensayos genómicos de células individuales con el fin de estudiar los mecanismos reguladores de los genes y la influencia de las variaciones genéticas en elementos reguladores cis. Estoy manteniendo algunos algoritmos bioinformáticos ampliamente utilizados para el análisis genómico, como MACS para la inmunoprecipitación de cromatina con secuenciación de alto rendimiento. Tengo estrechas colaboraciones con experimentadores, biólogos y médicos en varios campos.
Publicaciones
- Tarbell, E. y Liu, T. (2019) HMMRATAC: un modelo oculto de Markov para la investigación de ácidos nucleicos mediante secuenciación ATAC. [en prensa]
- Y.*, Jung, Y.*, Liu, Y.*, Alver, B., Lee, S., Ikegami, K., y otros (2014) Análisis comparativo de la organización de la cromatina de los metazoos. Nature, 512(7515), 449. PMCID: PMC4227084
- De*, Krajewski, P.*, Ladunga, I.*, Lefebvre, C.*, Li, Q.*, Liu, Y.*, Madrigal, P.*, Taslim, C.*, y Zhang, Y.*. (2013) Directrices prácticas para el análisis exhaustivo de datos de ChIP-seq. PLoS Computational Biology, 9 (11), e1003326 PMCID: PMC3828144
- Liu, t.*, Ortiz, J.A.*, Taing, L., Meyer, CA, Lee, B., Zhang, Y., y otros (2011) Cistrome: una plataforma integradora para estudios de regulación transcripcional. Genome Biology, 12(8), R83. PMCID: PMC3245621
- Zhang, Y.*, Liu, Y.*, Meyer, CA, Eeckhoute, J., Johnson, DS, Bernstein, BE, y otros (2008) Análisis basado en modelos de ChIP-Seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. PMCID: PMC2592715