Qué hacemos
El recurso compartido de genómica (GSR) del Roswell Park Comprehensive Cancer Center ofrece servicios de muestra a datos, con un personal técnico experto que realiza todos los aspectos de la preparación de muestras, control de calidad, diseño de ensayos y análisis.
El GSR es un núcleo de amplio funcionamiento que proporciona un conjunto integrado de herramientas y servicios para el análisis genómico. Nuestra dilatada trayectoria y contribución al Programa del Genoma Humano a través de la generación de clones, el mapeo de alto rendimiento, el desarrollo de tecnología de matrices y la distribución de estos recursos en todo el mundo proporciona un historial que documenta nuestra experiencia.
El conjunto de ofertas de tecnología y plataformas abarca prácticamente todas las plataformas genómicas disponibles, lo que permite una enorme flexibilidad y soluciones de investigación completas que incluyen ofertas de servicio completo de muestras a datos, capacitación y educación sobre instrumentos y metodologías, servicios completos de detección y validación, y gestión completa de solicitudes, flujo de trabajo y muestras del Sistema de Gestión de Información de Laboratorio (LIMS). El GSR Actualmente, contamos con secuenciadores Illumina NovaSeq 6000 y NextSeq500 de última generación, necesarios para llevar a cabo proyectos de secuenciación de nueva generación (NGS) a gran escala. Contamos con amplias colaboraciones con Roswell Park e investigadores externos que llevan a cabo proyectos que utilizan NGS, así como otras tecnologías complementarias, como 10x Genomics, Nanostring nCounter, Illumina iScan y secuenciación Sanger.
Ecológica
Illumina NovaSeq 6000
Illumina NextSeq 500
MiSeq de Illumina
Illumina iScan
10x Genomics Chromium X y controlador Chromium
Otros equipos
- Estación de trabajo Caliper Sciclone NGS
- Opentron OT-2
- Covaris E-220
- ABI Quant Studio 6
- Analizador genético ABI 3500
- Contador de nanocuerdas
- Bioanalizador Agilent 2100
- Estación de cintas Agilent 4200
- Fluorómetro Qubit 3
- Espectrofluorómetro de microplacas SpectraMax® Gemini™ XPS
- Microscopio Evos FL Auto 2
- Eppendorf Vacufuge plus
Extracción de ácidos nucleicos y control de calidad
- Extracción de ADN/ARN
- Tejido, FFPE, células, sangre, plasma (cfDNA), saliva, hisopos bucales, etc.
- microbioma
- Heces, tejido y saliva
Bioanalizador
Estación de cintas
Qubit
Espectro Max
covaris
secuenciación
- Secuenciación de próxima generación
- Secuencia de ARN
- Genoma completo (WGS)
- Exoma completo (WES)
- Metilación (WGBS, RRBS)
- Metagenoma (16s, meta-GEX, metagenoma)
- EpiGen: ChIP, ATAC, cortar y correr
- Secuenciación de Sanger
- Secuenciación de Sanger
- Análisis de fragmentos
NovaSeq
ABI3500
SiguienteSeq
MiSeq
Perfiles unicelulares y espaciales
- Transcriptómica de células individuales
- Perfiles de expresión génica
- Detección mediante CRISPR
- Proteínas de superficie celular y genes
- Perfil inmunológico
- Epigenómica de células individuales
- Accesibilidad de la cromatina (ATAC-seq)
- Multioma - GEX+ATAC-seq
- Transcriptómica espacial
- 10x Visio
Cromo X
Visio 10X
Tecnologías complementarias
- Illumina iScan
- Matrices SNP
- Matrices de metilación
- Contador de nanocadenas
- Paneles de expresión genética
- CNV
- PCR en tiempo real
- TaqMan: GEX, SNP
- SYBR GEX
es posible
nContador
QuantStudio 6 Flex
Servicios
El recurso compartido de genómica prepara ARN y ADN a partir de una variedad de tipos de muestras, utilizando varios protocolos de extracción según el tamaño de la muestra y la aplicación posterior.
- ADN (células, tejidos, sangre, FFPE): Qiagen DNeasy, PAXgene Blood DNA, Covaris truXTRAC FFPE total NA
- ARN (células, tejidos, sangre, FFPE): TRIzol, Qiagen miRNeasy, PAXgene Blood miRNA, Covaris truXTRAC FFPE total NA
- Enriquecido con miRNA: Qiagen miRNeasy
- Procesamiento de muestras para análisis de microbiomas: DNeasy PowerSoil Pro, ZymoBIOMICS DNA
Control de calidad de ácidos nucleicos
- Lector de placas fluorescentes Qubit y SpectraMax: cuantificación de picogreen y ribogreen
- Bioanalizador 2100: chips de ARN y ADN
- Estación de cintas Agilent 4200
Requisitos de muestra
- Pellets de células: 250,000 a 1 millón de células. Pellets de células congelados instantáneamente o frescos
- Tejido: 10 a 25 mg de tejido congelado
- Sangre: Tubos Paxgene para ARN, 300 ul de sangre completa para extracción en formato placa
- FFPE: 10 portaobjetos o rollos, de 5 a 10 um de espesor
Póngase en contacto con Prashant Singh en 716-845-3869, Prashant.Singh@RoswellPark.org para requisitos de muestra específicos de proyectos.
El GSR ofrece una gama completa de servicios de secuenciación de nueva generación (NGS), que incluyen secuenciación del genoma completo (WGS), secuenciación del exoma completo (WES), transcriptoma completo (RNA-seq y small RNA-seq), WGBis-seq (Methyl-seq), ChIP-Seq, ATAC-seq y secuenciación de ADN dirigida. Además, el GSR también proporciona secuenciación de células individuales y transcriptómica espacial utilizando las plataformas 10x Genomics Chromium X y 10x Genomics Visium, respectivamente, que permiten un análisis detallado de la heterogeneidad tisular a nivel de células individuales y de tejido completo. El GSR alberga secuenciadores Illumina NovaSeq 6000, NextSeq500 y MiSeq de última generación necesarios para llevar a cabo proyectos de secuenciación de nueva generación (NGS). Además, la instalación contiene un robot ciclónico para la automatización de proyectos a gran escala.
de Genómica
La secuenciación del ADN genómico se utiliza para la interrogación e identificación de mutaciones del ADN, SNP, variaciones del número de copias (CNV) y variaciones estructurales (SV). GSR ofrece distintos tipos de servicios de secuenciación de ADN, entre ellos, la secuenciación del genoma completo, la secuenciación del exoma completo y la secuenciación dirigida.
| Tipo de biblioteca | Métodos/kits de biblioteca | Muestra de entrada/calidad | Solicitud |
|---|---|---|---|
| Secuenciación del genoma completo (WGS) | Illumina DNA PCR-Free, KAPA Hyperprep y otros | 1ng a 2ug | Secuenciación del genoma completo para análisis de mutaciones de ADN, SNP, CNV y variación estructural. |
| Secuenciación del exoma completo (WES) | ADN Agilent SureSelect XT HS2 | De 10 ng a 200 ng | Secuenciación de todos los exones. Se utiliza para análisis de mutaciones somáticas, entradas y salidas pequeñas y SNP. SureSelect Human All Exon V8, región objetivo de 35.1 Mb con un tamaño de diseño de extremo a extremo eficiente de 41.6 Mb. También disponible para otras especies, como ratones, ratas y perros. |
| Secuenciación de ADN dirigida | Amplicón personalizado, ADN Agilent SureSelect XT HS2 y rhAmpSeq IDT | 10ng a 1ug | Secuenciación de objetivos de ADN específicos (desde una mutación hasta objetivos personalizados de varios Mbs) |
Transcriptómica
La secuenciación del transcriptoma (RNA-seq) proporciona una medición integral de los niveles de transcripciones y sus isoformas en un momento biológico determinado y se utiliza para identificar genes expresados de manera diferencial entre diferentes muestras. El GSR proporciona varios tipos de servicios de RNA-seq adecuados para diferentes tipos de muestras, entradas de ARN, calidad de ARN y diferentes especies de ARN, como ARNm, ARN pequeño, ARN no codificante o microARN.
| Tipo de biblioteca | Métodos/kits de biblioteca | Muestra de entrada/calidad | Solicitud |
|---|---|---|---|
| Secuenciación total de ARN | Kit KAPA RNA HyperPrep con RiboErase (HMR). Depleción ribosómica. | 25 ng – 1 µg, RIN > 4 | Secuenciación del transcriptoma completo. Biblioteca de cadenas. Análisis de expresión génica, detección de fusiones génicas, incluidas las transcripciones no codificantes, las isoformas y la identificación de nuevas transcripciones. |
| secuenciación de ARNm | Kit KAPA mRNA HyperPrep. Enriquecimiento de poli(A) | 50 ng – 1 µg, RIN > 7 | Secuenciación del transcriptoma completo. Biblioteca de cadenas, análisis de expresión génica de genes codificantes de proteínas y detección de fusiones génicas. |
| Transcriptoma completo de FFPE | ARN HS2 SureSelect XT | 10 - 200 ng de ARN total de muestras FFPE intactas o altamente fragmentadas (DV200>20%) | Análisis de expresión génica mediante captura de exones con el kit SureSelect Human All Exon V8+UTR. Adecuado para ARN altamente degradado, como el de muestras FFPE. |
| Entrada pico | Kit de secuenciación de ARN total trenzado SMARTer de Takara/Clotech: entrada Pico (agotamiento de ribosomas) | 250 pg–10 ng, RIN>4 | Secuenciación del transcriptoma completo con pocas muestras de entrada. Biblioteca de cadenas. |
| Entrada ultra baja | Kit SMART-Seq v4 de entrada ultra baja (enriquecimiento de poli(A)) | Hasta 1,000 células o 10 pg–10 ng de ARN total, RIN>7 | Secuenciación del transcriptoma completo con muestras de entrada ultra bajas. Biblioteca no bicatenaria. |
| ARN pequeño | Kit de secuenciación de ARNm SMARTer | 1 ng–2 µg, RIN>7 | Análisis de expresión de ARN pequeños no codificantes (smRNA), incluidos microRNA |
Es fundamental tratar las muestras de ARN con DNasa para las aplicaciones de secuenciación de ARN. La evaluación cualitativa de las muestras de ARN se realiza utilizando Agilent Bioanalyzer o TapeStation y las muestras de ARN con RIN >7 se consideran de alta calidad y adecuadas para todos los ensayos. Las muestras de ARN degradadas se pueden analizar (es decir, tejidos fijados en parafina o formalina) con el método adecuado. Los siguientes ejemplos muestran muestras de ARN de diferente calidad. No se recomienda el uso de secuenciación de ARNm para muestras de menor calidad, ya que generará un sesgo 3'.
Epigenómica
Los métodos epigenómicos se utilizan para estudiar los cambios en la actividad genética causados por mecanismos distintos a los cambios en la secuencia de ADN, como la metilación del ADN, la regulación génica mediada por ARN pequeños, las interacciones entre el ADN y las proteínas, la modificación de las histonas, la accesibilidad de la cromatina y más. El GSR ofrece varios ensayos epigenómicos que utilizan plataformas de NGS y microarrays.
| Tipo de biblioteca | Métodos/kits de biblioteca | Muestra de entrada/calidad | Solicitud |
|---|---|---|---|
| Secuenciación de genoma completo por bisulfito (WGBS) | Preparación de bibliotecas de metil-seq xGen™ | 10 a 100 ng | Análisis de metilación de CpG en todo el genoma |
| Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS) | Ovation® RRBS Metil-Seq | 10 a 100 ng | Cobertura de todo el genoma de CpG en islas con una resolución de una sola base, mide entre el 10 y el 15 % de todos los CpG del genoma. Requerimientos y costos de secuenciación reducidos. |
| Secuenciación de metilación dirigida | Bases de amplicones | 10 a 100 ng | Metilación dirigida de 1 a 20 CpG |
| secuencia de chip | Takara/Clotech ThruPLEX | 1 a 100 ng | Modificaciones de factores de transcripción e histonas. Los usuarios deben enviar el ADN de la propiedad intelectual |
| Cortar y correr | Takara/Clotech ThruPLEX | 1 a 100 ng | Modificaciones de factores de transcripción e histonas. Los usuarios deben enviar el ADN de la propiedad intelectual |
| ATAC-seq | Personalizado | Utilice la biblioteca proporcionada | Accesibilidad de la cromatina. Los usuarios deben enviar ADN etiquetado. |
Metagenómica
La metagenómica permite caracterizar la composición y variación de la comunidad microbiana en cualquier muestra. El GSR ofrece un servicio completo de metagenómica, que incluye la extracción de ADN y ARN y diversos métodos de NGS.
| Tipo de biblioteca | Métodos/kits de biblioteca | Muestra de entrada/calidad | Solicitud |
|---|---|---|---|
| Metagenómica: secuenciación del gen ARN ribosómico 16S | Basado en amplicones, regiones V3-V4 | 10-100 ng de ADN | Clasificaciones filogenéticas como género o especie de diversas bacterias o arqueas. |
| Metagenómica - ITS (Espaciador transcrito interno) | Basado en amplicón, región ITS1 | 10-100 ng de ADN | Análisis filogenético de diferentes hongos |
| Metagenoma | Secuenciación de escopeta (Illumina DNA PCR free o kit Nextera XT) | 1ng a 2ug de ADN | Perfilado de diversos microorganismos como bacterias, hongos y virus, así como perfilado de genes microbianos. |
En los últimos años, la secuenciación de células individuales ha proporcionado nuevos conocimientos sobre la heterogeneidad del microambiente tumoral y tisular con resolución de células individuales. Este conocimiento ha ayudado a identificar nuevos tipos de células y ha abierto caminos para intervenciones terapéuticas innovadoras. El GSR ofrece una aplicación de secuenciación de células individuales utilizando la plataforma Chromium X de 10x Genomics.
Aplicaciones de una sola célula compatibles con el GSR
- Transcriptómica de células individuales
- Perfiles de expresión genética (expresión genética 3' y 5')
- Detección de expresión genética mediante CRISPR
- Proteínas de superficie celular y genes
- Perfiles inmunológicos y especificidad de antígenos
- Epigenómica de células individuales
- Accesibilidad de la cromatina (ATAC-seq)
- Multioma: expresión génica + secuenciación ATAC
La información sobre la preparación de muestras para su envío se puede encontrar en encontrar aquí.
Requisito de muestra:
- Las células deben estar en una suspensión unicelular y libres de restos y agregados celulares.
- La viabilidad celular debe ser >70%, una viabilidad menor puede producir resultados comprometidos.
- El stock de células debe estar entre 500 y 1200 células/ul en tubos Eppendorf de 1.5 ml, volumen 30-50 ul
- Las células deben resuspenderse en PBS + 0.04 % BSA o medio completo.
- La muestra debe entregarse en hielo junto con el formulario de envío de muestra completo antes de las 2:XNUMX p. m.
- Proporcione información sobre la recuperación de células objetivo deseadas (100-20000 células/muestra) y el tipo de ensayo (3'GEX, 5'GEX, ATACseq, TCR/BCR)
¿Cuántas celdas enviar?
La plataforma 10x tiene una tasa de captura de ~60%, por lo que, por ejemplo, si la recuperación de células objetivo deseada es de 10,000 16,000 células, se cargan 10 XNUMX células en el sistema. El gráfico proporciona información sobre la cantidad de células necesarias para diferentes recuperaciones de células objetivo. También necesitamos una suspensión de células de XNUMX ul para el control de calidad.
Un ejemplo práctico:
Concentración celular: 600 células/ul
Recuperación de células objetivo: 5,000 células
En este caso, necesitaremos 10 ul de suspensión celular para el recuento y el control de calidad (6,000 células) y se cargarán 13.8 ul de suspensión celular en el sistema Chromium (8,280 células). Necesitaremos un mínimo de 23.8 ul de suspensión celular (14,280 50 células). Solicitamos al menos el doble de la cantidad mínima requerida para asegurarnos de tener suficientes células para recargar si hubiera un problema con la ejecución de Chromium. Por ejemplo, en este caso solicitaremos 30,000 ul de suspensión celular o XNUMX XNUMX células.
Perfil espacial:
La secuenciación de células individuales proporciona un análisis exhaustivo de la heterogeneidad tisular y la identificación de diferentes tipos de células; sin embargo, la información espacial de las células dentro del tejido se pierde debido a la disociación tisular. Los métodos de creación de perfiles espaciales permiten el análisis de la relación entre las células y su microambiente dentro del contexto tisular. La transcriptómica espacial es un método innovador de creación de perfiles moleculares que proporciona una comprensión profunda del desarrollo normal y la patología de la enfermedad midiendo la expresión genética dentro de un contexto tisular. El GSR utilizó la plataforma Visium de 10x Genomics para realizar la transcriptómica espacial. La plataforma Visium se puede utilizar tanto para muestras de tejido fresco congelado como FFPE.
El Visium es un trabajo complejo que involucra la experiencia en genómica y patología. Comuníquese con el Dr. Prashant Singh para analizar los detalles sobre los requisitos de muestra. y diseño experimental.
El recurso compartido de genómica proporciona servicios de SNP de todo el genoma, variación del número de copias (CNV) y metilación de ADN utilizando tecnología de microarrays (también conocida como tecnología BeadArray).
Matrices de metilación
Utilizamos matrices de metilación para muestras derivadas tanto de humanos como de ratones.
Matriz de metilación humana
El análisis de metilación de todo el genoma con Infinium MethylationEPIC BeadChip de Illumina requiere que las muestras se analicen en lotes de 16. Requerimos 1 ug de ADN de alto peso molecular (a través de cuantificación con picogreen) por muestra.
El BeadChip MethylationEpic de Illumina contiene más de 850 99 sitios CpG altamente informativos que cubren el 95 % de los genes RefSeq y el 5 % de todas las islas CpG conocidas, junto con sitios potenciadores y otras categorías de contenido. La matriz abarca sitios CpG fuera de las islas CpG, sitios metilados no CpG, sitios metilados diferencialmente identificados en tumores frente a normales, potenciadores FANTOM 90, cromatina abierta y potenciadores ENCODE, promotores de miRNA y sitios hipersensibles a la DNasa. La matriz MethylationEpic contiene más del 450 % de los CpG en el Illumina Methylatio350,000 más XNUMX XNUMX CpG adicionales en regiones potenciadoras.
Matriz de metilación de ratón
El análisis de metilación de todo el genoma de muestras de ratones se realiza utilizando el chip de metilación de ratones Infinium. Este conjunto analiza más de 285 24 sitios de metilación seleccionados para proporcionar cobertura de islas CpG, sitios de inicio de la traducción, potenciadores, loci impresos y otras regiones. Este conjunto requiere que las muestras se analicen en lotes de 1. Necesitamos XNUMX ug de ADN de alto peso molecular (a través de cuantificación con picogreen) por muestra.
Matrices SNP
El GSR ofrece análisis de genotipado global, variación del número de copias de ADN (CNV) y servicios de pérdida de heterocigosidad (LOH) mediante los productos Illumina Infinium. Los BeadChips de Illumina ofrecen un amplio espectro de productos de análisis de ADN de todo el genoma para respaldar una variedad de diseños experimentales. Los investigadores tienen la flexibilidad de utilizar paneles de 300,000 5,000,000 a casi XNUMX XNUMX XNUMX de marcadores por muestra, según los objetivos de su estudio. Todos los BeadChips proporcionan genotipado de SNP de todo el genoma, detección de LOH y CNV potentes e integrados.
Requisitos de muestra
Solicitamos 1 ug de ADN genómico de alta calidad para matrices Illumina. El requisito de entrada para matrices de metilación es de 500 ng y 200 ng para matrices de SNP. La mayoría de los protocolos de aislamiento de ADN genómico estándar producirán ADN de pureza lo suficientemente alta para el análisis de micromatrices. Se recomienda encarecidamente verificar el ADN genómico para detectar degradación y contaminación por ARN. Es fundamental utilizar cantidades de ADN purificadas y precisas para el etiquetado fluorescente. El ADN degradado de las muestras FFPE se puede utilizar con matrices Illumina después de realizar la restauración del ADN. Comuníquese con Prashant Singh al 716-845-3869 para obtener más detalles.
Aviso legal sobre los datos de SNP
Estos ensayos están destinados únicamente a fines de investigación. Los resultados proporcionados en este informe no están certificados por el Departamento de Salud del Estado de Nueva York ni están destinados a usarse en pruebas de diagnóstico o tratamiento clínicos. Al utilizar estos resultados de ensayos, el usuario acepta que Roswell Park Comprehensive Cancer Center no tendrá responsabilidad por reclamos ni daños de ningún tipo que sufra un usuario de estos resultados de ensayos por una decisión o acción tomada en función de la información proporcionada en los resultados, incluidos los daños directos, indirectos, especiales, incidentales o consecuentes relacionados con su uso.
Roswell Park no ofrece garantías de ningún tipo, expresas o implícitas, en cuanto a la comerciabilidad o idoneidad para un uso particular de los resultados de los ensayos. Estos resultados de los ensayos se proporcionan "tal como están" y sin garantía de que su uso no infrinja ninguna patente u otro derecho de propiedad de un tercero.
El recurso compartido de genómica proporciona análisis de expresión genética en varias plataformas diferentes según el organismo, el material de partida y el tamaño de su proyecto.
Secuenciación de ARN (RNA-Seq)
El GSR utiliza varios tipos de métodos de preparación de bibliotecas de secuenciación de ARN para realizar análisis de expresión génica global según la muestra y el requisito de análisis. Se proporcionan más detalles en la sección NGS.
Expresión génica de NanoString nCounter
El sistema de análisis nCounter de NanoString utiliza una tecnología digital para medir de forma directa y simultánea múltiples dianas genómicas en muestras de tejido, sin necesidad de amplificación ni preparación de bibliotecas. El GSR utiliza el sistema de análisis nCounter para el análisis de paneles de genes NanoString, paneles de genes personalizados y expresión de microARN. Los paneles de expresión génica NanoString están disponibles tanto para humanos como para ratones.
PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR)
El GSR ofrece un servicio completo de análisis de qPCR mediante el sistema de PCR en tiempo real QuantStudio 6 Flex. La qPCR se utiliza para el análisis de la expresión génica de una pequeña cantidad de genes (de 1 a 20 genes). Podemos ejecutar ensayos basados tanto en TaqMan como en SYBR green. La qPCR se utiliza para el análisis de la expresión de ARNm y microARN.
Requisito de muestra
Generalmente, se requieren entre 100 ng y 1 µg de ARN total, según el ensayo.
Nota: Es fundamental tratar las muestras de ARN con DNasa para las aplicaciones de secuenciación de ARN. La evaluación cualitativa de las muestras de ARN se realiza utilizando Agilent Bioanalyzer o TapeStation y las muestras de ARN con RIN >7 se consideran de alta calidad y adecuadas para todos los ensayos. Las muestras de ARN degradadas se pueden analizar (es decir, tejidos fijados en parafina o formalina) con NanoString y secuenciación de ARN.
El recurso compartido de genómica ofrece un servicio completo de secuenciación de Sanger y análisis de fragmentos. El GSR alberga dos analizadores genéticos ABI 3500 para la secuenciación de Sanger y el análisis de fragmentos.
Pedidos en línea
Todos los pedidos deben enviarse mediante el sistema LIMS. Con nuestro sistema de pedidos basado en la web, podrá enviar sus pedidos electrónicamente y recuperar los datos de su secuencia una vez completados.
Contáctenos
Khin Marlar
Recurso compartido sobre genómica
Laboratorio de secuenciación de ADN
Centro de Genética y Farmacología, L1-104
Centro de cáncer integral de Roswell Park
Calles Elm y Carlton
Buffalo, NY 14263
Correo electrónico: Khin.Marlar@RoswellPark.org
Teléfono: 716-845-8314
Fax: 716-845-1579
Al enviar muestras por correo, es preferible elegir la entrega al día siguiente. Si bien las muestras de ADN son estables a temperatura ambiente, la permanencia prolongada a estas temperaturas puede provocar la degradación del ADN y el consiguiente deterioro de la calidad de la secuencia. A continuación, encontrará información sobre los cebadores que proporcionamos.
Programa de tarifas
Todos los precios para miembros y no miembros del CCSG de Roswell Park están disponibles comunicándose con Prashant Singh al 716-845-3869 or Prashant.Singh@RoswellPark.org.
Aviso legal sobre la secuenciación de Sanger
Los servicios de secuenciación de ADN que ofrece el Genomic Shared Resource de Roswell Park están destinados únicamente a fines de investigación. Estos servicios de secuenciación de ADN no están destinados ni certificados por el Departamento de Salud del Estado de Nueva York para su uso en pruebas de diagnóstico o tratamiento clínicos, incluida, entre otras, la educación del paciente.
El Roswell Park Comprehensive Cancer Center no será responsable de las reclamaciones ni de los daños de ningún tipo que sufra un usuario de estos servicios de secuenciación de ADN por una decisión o acción tomada basándose en la información proporcionada en la secuenciación de ADN. Dichos daños incluyen, sin limitación, daños directos, indirectos, especiales, incidentales o consecuentes.
El recurso compartido de genómica proporciona un servicio de autenticación de líneas celulares humanas mediante perfiles de repeticiones cortas en tándem (STR).
Fondo
Las líneas celulares son herramientas de investigación importantes para la investigación biomédica básica y preclínica. Sin embargo, la contaminación y la identificación errónea de las líneas celulares es un problema importante que conduce a resultados falsos y a la irreproducibilidad de los datos. Los cambios recientes en las pautas de presentación de subvenciones del NIH exigen que todas las líneas celulares se autentifiquen mediante análisis cromosómico o perfil STR.
Perfilado STR
La autenticación de la línea celular se realiza mediante loci STR que también se utilizan en la identificación de huellas dactilares de ADN. Los marcadores STR son loci de ADN polimórficos que contienen una secuencia de nucleótidos repetida y el número de repeticiones varía para cada individuo; se utilizan combinaciones de repeticiones para hacer coincidir las líneas celulares con su perfil informado (ATCC, DSMZ, etc.).
Utilizamos el kit de amplificación por PCR AmpFlSTR Profiler de Applied Biosystems, que amplifica 15 loci STR y el gen de la amelogenina en una única reacción de PCR multiplex. Los productos de amplificación se etiquetan con fluorescencia y se analizan utilizando el secuenciador ABI 3130xl. Cada pico del electroferograma representa un alelo y, mediante la comparación de los datos de la muestra con una escala alélica, se determina el número de unidades repetidas. Este valor numérico para cada repetición se compara luego con el perfil STR de la línea celular informado en las bases de datos ATCC y DSMZ para confirmar la línea celular.
Programa de tarifas
Todos los precios para miembros y no miembros del CCSG de Roswell Park están disponibles comunicándose con Prashant Singh al 716-845-3869 or Prashant.Singh@RoswellPark.org.
Ubicación y horario
Centro de cáncer integral de Roswell ParkRecurso compartido sobre genómica
Centro de Genética y Farmacología
Habitación L1-130
Calles Elm y Carlton
Buffalo, Nueva York 14263
Lunes a viernes, 8 am - 5 pm
Este recurso compartido está financiado por NCI P30CA16056. Las publicaciones deben citar la subvención principal en la sección de agradecimientos, si utilizan datos generados por el recurso compartido.
Un ejemplo: este trabajo fue apoyado por la subvención P30CA016056 del Instituto Nacional del Cáncer (NCI), que implicó el uso del Recurso Genómico Compartido del Centro Integral del Cáncer Roswell Park.
Recurso compartido sobre genómica
El Genomics Shared Resource (GSR) ofrece servicios de muestras a datos, con personal técnico experto que realiza todos los aspectos de la preparación de muestras, control de calidad, diseño de ensayos y análisis. La misión del GSR es proporcionar instrumentación y experiencia de última generación que permita a sus usuarios adquirir y analizar conjuntos de datos genómicos en estudios básicos, translacionales, clínicos y poblacionales. Nuestra larga trayectoria y contribución al Programa del Genoma Humano a través de la generación de clones, el mapeo de alto rendimiento, el desarrollo de tecnología de matrices y la distribución de estos recursos en todo el mundo proporciona un historial que documenta nuestra experiencia que se puede extender a la comunidad externa. El GSR ofrece a los investigadores un espectro completo de servicios, que incluyen secuenciación de próxima generación (NGS), genotipado (dirigido y global), metilación (dirigida y global), análisis de expresión y número de copias (gen y miRNA), secuenciación de células individuales y secuenciación de Sanger. La instalación alberga un sistema Illumina iScan, dos sistemas de PCR en tiempo real QuantStudio6 de Applied Biosystems, dos analizadores genéticos 3500 de Applied Biosystems, una estación de trabajo de NGS Caliper Sciclone, un sistema 10x Genomics Chromium X y sistemas Nanostring nCounter, así como secuenciadores Illumina (NovaSeq 6000, NextSeq 500 y MiSeq). El GSR proporciona un conjunto completo de servicios de NGS, que incluyen secuenciación del genoma completo (WGS), secuenciación del exoma completo (WES), transcriptoma completo (RNA-seq y small RNA-seq), WGBis-seq (Methyl-seq), ChIP-Seq y secuenciación de ADN dirigida. Además, el GSR también proporciona secuenciación de células individuales y transcriptómica espacial utilizando plataformas 10x Chromium X y Visium, respectivamente, lo que permite un análisis detallado de la heterogeneidad tisular a nivel de células individuales y de tejido completo. El GSR también puede realizar análisis de metilación de muestras de ADN intactas o comprometidas utilizando el Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip (global), así como genotipado de SNP/CNV de servicio completo (300 4.5 a 11 millones de SNP) utilizando la tecnología Illumina BeadChip. El GSR proporciona muchos niveles de tecnologías de validación personalizables para adaptarse a proyectos de cualquier tamaño, incluidos los Illumina BeadChips personalizados, qPCR, ensayos de detección digital nCounter y secuenciación de Sanger. El GSR también es un repositorio para las bibliotecas de clones genómicos RP23 y RPXNUMX BAC, que están disponibles para la selección, caracterización, mapeo FISH y distribución de clones. El GSR es una instalación de última generación que utiliza una variedad de plataformas para adaptarse a solicitudes de cualquier tamaño y monitorea todos los procesos utilizando un Sistema de gestión de información de laboratorio (LIMS), que rastrea las solicitudes en línea, el envío de muestras, el flujo de trabajo y el procesamiento de muestras para garantizar que se generen datos reproducibles de calidad de manera eficiente. El GSR opera como un espacio compatible con CLIA, lo que le permite realizar estudios correlativos relacionados con ensayos clínicos y proyectos farmacéuticos.
A nivel institucional, el GSR interactúa con otros recursos compartidos como los recursos compartidos de bioestadística y bioinformática, DBBR y Pathology Network Shared Resource (PNSR) para facilitar la preparación centralizada de muestras de alto rendimiento a partir de cohortes de archivo y prospectivas para gestionar mejor los proyectos iniciados por los investigadores y las preguntas de investigación.
Publicaciones
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- M Maximilian, Merz A, Wang J, Wei L, Hu Q, Hutson N, Rondeau C, Celotto K, Belal A, Alberico R, Block AM, Mohammadpour H, Wallace P, Tario J, Luce J, Glenn GT, Singh PK, Herr M, Hahn T, Samur M, Munshi M, Liu S, McCarthy P, Hillengass J. Descifrando la heterogeneidad genómica espacial con una resolución de célula única en el mieloma múltiple. Nat Commun. 2022 de febrero de 10;13(1):807
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