Servicios de Biorepositorio y Laboratorio (BLS)

Obtenemos, procesamos y almacenamos muestras de sangre periférica, médula ósea y otros tipos de muestras biológicas de pacientes con una variedad de neoplasias malignas sólidas y hematológicas para investigadores de Roswell Park y otras instituciones. Nos esforzamos por proporcionar muestras que se recopilen, procesen y almacenen rigurosamente para que la integridad de los posibles analitos sea consistente en todos los pacientes y controles. Las muestras se extraen y se envían al laboratorio de BLS para su procesamiento en suero, plasma, capa leucocítica, células mononucleares de sangre periférica (PBMC), células mononucleares de médula ósea (BMMC) y ADN genómico.

El ADN genómico está fácilmente disponible a partir de sangre extraída utilizando un extractor nucleico Autogen XTRACT 16+ que permite una extracción rápida de hasta 48 muestras por día, un fluorómetro Qubit de ThermoFisher que facilita la cuantificación y evaluación precisas del ADN de doble cadena.

Las muestras se procesan siguiendo estrictos procedimientos operativos estándar y se almacenan en contenedores con código de barras que están vinculados y gestionados en nuestro Sistema de Gestión de Información de Laboratorio (LIMS). El banco de líquidos tiene más de 1.3 millones de muestras de sangre y/u otros tipos de muestras almacenadas de más de 43,000 pacientes y controles sanos. Esto incluye más de 220,000 muestras de sangre y médula ósea criopreservadas de pacientes con neoplasias hematológicas que datan de 1991. El almacenamiento de muestras de sangre de pacientes con tumores sólidos comenzó en 2003. Todas las muestras tienen datos clínicos relacionados disponibles.

Tejido

Los bioespecímenes están disponibles para tejido fresco, congelado y para tejido incluido en parafina y fijado con formalina (FFPE) recolectado por el laboratorio de obtención de tejidos. Los microarreglos de tejido (TMA) se construyen utilizando los bloques remanentes del recurso de archivo (PAR) del Departamento de Patología. Todo el tejido utilizado para la investigación se recolecta según el protocolo de tejido remanente I 115707. Actualmente, las muestras de tejido se solicitan y envían al Recurso Compartido de Genómica para extraer ADN o ARN.

ADN y ARN

El ADN y el ARN se aíslan de tejidos tumorales y no tumorales compatibles en el biobanco. El ADN y el ARN se extraen principalmente de muestras de tejido congeladas, pero el ADN también se puede extraer de tejido FFPE. Todas las muestras se someten a control de calidad después de la extracción para confirmar que el ADN es de alta calidad.

tejido FFPE

Los bloques de tejidos de patología quirúrgica fijados con formalina e incluidos en parafina (FFPE) se archivan y se puede acceder a ellos con fines de investigación. Nuestro archivo de tejidos parafinados es extenso y cuenta con aproximadamente más de 200,000 casos que datan de 1993. Esta base de datos se puede buscar electrónicamente y utilizar con fines de investigación.

Tejido fresco y congelado

Los restos de tejido frescos y congelados de muestras quirúrgicas pueden distribuirse con fines de investigación. Nuestros bioespecímenes son obtenidos por asistentes de patología certificados y luego almacenados en congeladores a -80 °C que están protegidos por sistemas de monitoreo de última generación y horarios de contacto de emergencia las 24 horas, los 7 días de la semana.

Las solicitudes de tejidos frescos o congelados están guiadas por el Sistema de Gestión de Información de Laboratorio (LIMS) y están integradas con otras instalaciones de recursos compartidos (por ejemplo, el Recurso Compartido de Genómica).

La cantidad de muestras biológicas disponibles en el biobanco varía según el sitio de la enfermedad y su utilización. Los detalles específicos de las muestras en el biobanco, incluidos el inventario, los eventos quirúrgicos, las dimensiones del tumor y la cantidad de tejidos obtenidos, almacenados y distribuidos por sitio de la enfermedad, están disponibles en el sitio web Panel de control de LIMSUsuarios externos, por favor contactar BLSAdmin@RoswellPark.org para obtener más información.

biblioteca TMA

Los microarrays de tejido (TMA) se construyen utilizando una aguja hueca para extraer núcleos de tejido muy pequeños de múltiples tumores de interés que luego se insertan en un bloque de parafina receptor de manera ordenada. Este formato permite la detección de una gran cantidad de muestras de pacientes en un solo portaobjetos. Los TMA son una forma eficiente y eficaz de detectar posibles biomarcadores y, por lo general, se utilizan junto con la tinción inmunohistoquímica (IHC) o la hibridación in situ fluorescente.

La BLS ha construido más de 200 bloques diferentes que representan una amplia variedad de enfermedades y tipos de tejidos de más de 16,000 pacientes.

El Centro de Histología es un laboratorio centralizado que brinda servicios de procesamiento e inclusión de tejidos estándar, criotomía, microtomía, tinción histológica general, optimización de anticuerpos e inmunohistoquímica (IHC) para tejidos humanos y animales. El personal de histología trabaja en estrecha colaboración con el Recurso compartido de informática para la investigación biomédica (BRISR) y otros laboratorios de recursos compartidos para identificar conjuntos de muestras y luego realizar la tinción necesaria para estudios de investigación que utilizan IHC. El laboratorio utiliza varios equipos de tinción automáticos para lograr una tinción IHC consistente y de alto rendimiento. Un patólogo revisa periódicamente los procedimientos de tinción de anticuerpos y las láminas de IHC para el control de calidad. Las instalaciones de histología amplían continuamente el repertorio de protocolos de anticuerpos y cuentan con más de 500 procedimientos.

El Centro de Histología proporciona los siguientes servicios de histología:

• Tinción inmunohistoquímica
• Optimización de anticuerpos para inmunohistoquímica
• Tinción con hematoxilina y eosina
• Tinción histológica especial (p. ej., GMS, tricrómico de Masson, PAS)
• Criotomía
• microtomía
• Inclusión en parafina
• Procesamiento de tejidos estándar
• Construcción de TMA personalizada (muestras de modelos humanos o preclínicos)
• Preparación de tejidos para Visium (colaboración con Genomics Shared Resource)
• Preparación de tejidos para Phenocycler (colaboración con Flow and Immune Analysis Shared Resource)
• Perforación de agujas estériles para aislamiento de ADN/ARN

El laboratorio de Imágenes y Análisis utiliza un Aperio^® Escáner de portaobjetos AT2. El escaneo de portaobjetos permite a los investigadores acceder fácilmente a sus imágenes digitales de portaobjetos desde cualquier lugar utilizando Aperio^® eSlide Manager, un sistema de gestión de información de patología digital basado en la web. La anotación de las diapositivas digitales se puede realizar a través de una plataforma digital utilizando Aperio^® ImageScope: permite a los investigadores crear imágenes digitales para publicaciones y facilita la colaboración entre instituciones al permitir compartir información de imágenes digitales de manera rápida y sencilla.

Sistema AT2

El AT2 es un sistema de escaneo ultrarrápido y de alta capacidad con una potente capacidad para 400 portaobjetos. Este sistema crea imágenes digitales a partir de portaobjetos de vidrio con una calidad de imagen superior e incluye las siguientes características:

• Capacidades de ampliación de escaneo de 20X y 40X
• Cree diapositivas digitales en múltiples formatos (SVS, JPEG, TIFF, diapositiva web compuesta)
• Vea y edite diapositivas digitales con el software de visualización ImageScope, fácil de usar y de descarga gratuita
• Conecte varias partes remotas a través de conferencias de diapositivas digitales.

Software ImageScope

ImageScope es un software de visualización de diapositivas digitales que se puede descargar de forma gratuita. ImageScope es fácil de usar y pone a su disposición una gran cantidad de potentes funciones.

• Vea diapositivas digitales desde cualquier estación de trabajo en la red; esto elimina la necesidad de transportar físicamente las diapositivas de vidrio y hacer zoom y panorámica instantáneamente en cualquier región de la diapositiva.
• Conferencia web incorporada: intercambio de diapositivas digitales en tiempo real y debates en múltiples ubicaciones remotas.
• Ver varias diapositivas digitales simultáneamente.
• Aplique ajustes de imagen en tiempo real para contraste, brillo y gamma.
• Analice diapositivas digitales completas o regiones seleccionadas.
• Agregue anotaciones gráficas y de texto a las diapositivas digitales.
• Utilice la regla incorporada para realizar mediciones en el lugar.
• Guardar una región o regiones seleccionadas de una diapositiva digital en un archivo.
• Permite a los investigadores crear imágenes digitales para su publicación, así como facilitar la colaboración interinstitucional al proporcionar un intercambio rápido y sencillo de información de imágenes digitales.
• ImageScope también permite la visualización coordinada de múltiples portaobjetos uno al lado del otro, algo que no se puede hacer con los portaobjetos de vidrio tradicionales. Además, la función SmartSync™ de Aperio facilita la comparación de diferentes secciones del mismo bloque de tejido, incluso cuando las secciones se giran o trasladan unas respecto de otras.

Administrador de Leica eSlide (eSlide)

eSlide es un sistema de gestión de información e imágenes de patología digital basado en la web. Se puede acceder a eSlide completando una solicitud. Si desea solicitar acceso a eSlide, comuníquese con BLSImaging@RoswellPark.org.

Análisis de imágenes automatizado

El análisis de imágenes es un servicio que también ofrece la BLS. Los algoritmos se pueden adaptar para ajustar con precisión los parámetros celulares, nucleares y de tinción, creando un macro de algoritmo optimizado para cada objetivo de anticuerpo y tipo de tejido para seleccionar las células de interés. La imagen digital original de la lámina nunca se modifica. En cambio, se crea una capa de anotación con la imagen de marcado y los datos cuantitativos y se vincula a la imagen digital. Actualmente, tenemos un empleado a tiempo completo con experiencia en análisis de láminas digitales. La BLS realiza análisis de imágenes para láminas teñidas solo por IHC. La expresión nuclear, citoplasmática y membranosa se puede puntuar de forma individual o en cualquier combinación. Se puede realizar un análisis vascular y adaptarlo para calcular vasos específicos modificando los parámetros de tamaño de los vasos. Algunas tinciones duales también se pueden analizar con este sistema según el tipo de tinción y objetivo.

Datos epidemiológicos

En el momento del consentimiento, se solicita a los participantes (pacientes o no pacientes/control) que completen un cuestionario epidemiológico autoadministrado disponible en línea o en versión impresa. El cuestionario contiene más de 1,100 ítems, entre los que se incluyen:

• Demografía y antecedentes
• Antecedentes personales y familiares de cáncer y otras enfermedades.
• Historial médico y de detección de cáncer
• Estilo de vida (tabaquismo, dieta, actividad física, alcohol, cannabis)
• Uso de suplementos y medicamentos

El diccionario de datos del cuestionario y los libros de códigos están disponibles para los investigadores para la planificación y el análisis de la investigación.

Los datos clínicos

Cada muestra obtenida de los pacientes tiene datos clínicos disponibles. Los datos clínicos están disponibles a través de los administradores de datos específicos de la enfermedad, BRISR y los administradores de datos de BLS. Los datos disponibles incluyen:

• Datos del Registro de Cáncer de Roswell Park con información básica sobre el tumor, el tratamiento y los detalles de la primera recurrencia. Los datos recopilados incluyen: fecha de diagnóstico, lateralidad, histología, comportamiento, grado, tamaño del tumor, estadio clínico y patológico, sitios distantes, marcadores tumorales, fecha de cirugía, patología y recurrencia (a partir de la fecha de recolección de la muestra).
• Historial médico electrónico: incluye tratamiento farmacológico, información del paciente (altura, peso, IMC, presión arterial, etc.), visitas, órdenes (exploraciones, endoscopias, pruebas, procedimientos, etc.), comorbilidades, antecedentes familiares, cariotipo, perfil mutacional y resultado.
• Abstracción adicional de registros médicos
• Servicios de corretaje honestos
• Vinculación y desidentificación de datos y almacenamiento de archivos de datos de estudio