Qué hacemos
El recurso compartido de informática para la investigación biomédica (BRISR) brinda consultas y servicios para investigadores y equipos de estudio en las áreas de investigación clínica, informática y ciencia de datos. BRISR ayuda a los investigadores a aprovechar los recursos de datos internos y externos y a brindar soluciones basadas en informática para la investigación clínica y traslacional en el Roswell Park Comprehensive Cancer Center.
Ofrecemos la infraestructura y los procesos necesarios para establecer y supervisar los estándares de datos, la calidad, la integración y la distribución en Roswell Park y nuestro objetivo es hacer que la investigación sea localizable, accesible, interoperable y reutilizable (FAIR). Además, BRISR ofrece oportunidades educativas y de capacitación. Brindamos servicios en tres áreas principales: (1) Gestión y entrega de datos clínicos para investigación(2) Desarrollo de software a medida para investigación, y (3) Análisis de inteligencia artificial para investigación clínica y bioinformática.
Gestión y entrega de datos clínicos para investigación
Gestión y entrega de datos clínicos para investigación: Brindamos acceso estructurado a datos clínicos confiables en tiempo real para el avance de estudios no intervencionistas en Roswell Park. Los datos se entregan de manera compatible con HIPAA y nos aseguramos de que se cumplan todas las regulaciones y estándares de seguridad de datos para garantizar la privacidad de nuestros pacientes. El equipo de BRISR también trabaja en estrecha colaboración con los biobancos de Roswell Park para anotar bioespecímenes y facilitar el proceso de identificación de cohortes de pacientes y selección de casos. Nuestro acceso a datos clínicos detallados se puede combinar con bioespecímenes de la Servicios de laboratorio y biorrepositorio (BLS) Recurso compartido que respalda las necesidades de datos de los investigadores que trabajan en esfuerzos de investigación preclínica.
Servicios específicos que ofrecemos:
- Solicitudes de datos clínicos
- Selección de cohorte
- Diseño de datos y encuesta REDCap
- Servicios de corredor honesto
- Apoyo para la solicitud de subvenciones
- Normalización y armonización de datos
Desarrollo de software personalizado para investigación
Trabajamos con investigadores para desarrollar e implementar herramientas y bases de datos personalizadas para optimizar la recopilación, organización, validación, análisis y visualización de datos. Esto permite procesos optimizados que ayudan al avance de la comprensión científica o la eficiencia. También trabajamos con Research IT para desarrollar plataformas computacionales que respalden los objetivos institucionales más amplios. Algunos ejemplos incluyen la base de datos internacional Stacey Scott Lung Cancer Registry, la plataforma nSight para buscar datos clínicos anónimos en Roswell Park, el proyecto REVEAL para analizar y consultar informes patológicos y VisPortal para visualizar datos genómicos de células individuales de Roswell Park.
Análisis de inteligencia artificial para investigación clínica y bioinformática
Ofrecemos servicios y consultas de investigación colaborativa para soluciones de aprendizaje automático y profundo para la investigación clínica y bioinformática. Nuestro objetivo es desarrollar, mediante la ciencia en equipo, inteligencia artificial y métodos computacionales de alto rendimiento que eleven los programas de investigación de Roswell Park y brinden información clínica y biológica significativa. Nuestro personal está capacitado en inteligencia artificial estadística y computacional y puede brindar información sobre metodología de vanguardia.
Datos clínicos disponibles para investigadores:
- Registro de cáncer: Los tumores diagnosticados y tratados aquí en Roswell Park se guardan en un registro, que proporciona acceso a información básica sobre el tumor, el tratamiento y los detalles de la primera recurrencia.
- Historial médico electrónico: Incluye tratamiento farmacológico en Roswell Park, signos vitales del paciente (altura, peso, IMC, presión arterial, etc.), visitas, órdenes (exploraciones, endoscopias, pruebas, etc.), comorbilidades e antecedentes familiares.
- Base de datos de finanzas: Datos de facturación que ayudan a identificar procedimientos, tratamientos y otra información de cada paciente.
- Resultados del laboratorio de Cerner: Información de análisis de sangre y otros análisis de laboratorio realizados en Roswell Park, como análisis de orina y cultivos.
- Resultados de OmniSeq y Foundation Medicine: Resultados de todos los paneles ordenados clínicamente, como el Panel Integral OmniSeq y el Informe de Informe Inmunológico.
Herramientas informáticas y de software
Gorra roja
REDCap es una aplicación web segura para crear y gestionar encuestas y bases de datos en línea. Está disponible para todos los investigadores de Roswell Park visitando: https://redcapweb.roswellpark.org
nvista
nSight™ es una herramienta basada en la web que permite a los usuarios de Roswell explorar/analizar varias fuentes de datos para ayudar a desarrollar cohortes de investigación para ideas de investigación, subvenciones relacionadas, diseños de estudios y publicaciones.
Preguntas frecuentes
El personal del Recurso compartido de informática para la investigación biomédica (BRISR) tiene acceso a una variedad de fuentes de datos. Comuníquese con nosotros para analizar sus necesidades de investigación y saber cómo podemos ayudarlo. A continuación, se incluye un resumen de lo que tenemos acceso actualmente:
- Datos del registro de cáncer de Roswell Park
- Resultados de laboratorio (completados en Roswell Park)
- Recetas médicas prescritas en Roswell Park
- Medicamentos administrados en Roswell Park (por ejemplo, infusiones)
- Problemas de salud del paciente y antecedentes familiares
- Sistema de facturación financiera
- Resultados genómicos de pruebas solicitadas clínicamente
- Artículos solicitados a través de los registros médicos electrónicos (por ejemplo, exploraciones, endoscopias, consultas, etc.)
Se requiere un protocolo para que el personal de BRISR entregue datos clínicos para un proyecto de investigación. Si desea obtener información preliminar para determinar si un proyecto es factible, podemos brindarle cifras potenciales e información básica sin un protocolo aprobado. Comuníquese con nosotros para obtener más información.
Los cargos facturados a un investigador corresponden a servicios de recuperación de costos. Cobramos por el esfuerzo que supone acceder, extraer y procesar los datos o cualquier servicio prestado, y los honorarios se basan en el tiempo necesario para completar dichos servicios. Comuníquese con nosotros para obtener un presupuesto.
Nuestro equipo
Kelly Jans, licenciada en Ciencias
Director de Gestión de Datos
Philip Whalen, Máster
Director de desarrollo de software
Jessica Michnik-Rubinstein, MS
Programador
Megan Wansart, máster en salud pública
Analista de Datos
Licenciado en Letras Tyce Schneider
Administrador de datos I
Philippa Doherty, Máster
Programador
Licenciada Bryanna Globe
Administrador de datos I
Ravi Dayani, Máster
Programador
Contacte con nosotros
Comuníquese con la oficina de BRISR al 716-845-2270 o por correo electrónico BRISR@RoswellPark.org
Dra. Sarah Mullin
Director
Teléfono: 716-845-1300, x4239
Correo electrónico: Sarah.Falls@RoswellPark.org
Doctor Tao Liu
Director Asociado
Teléfono: 716-845-5034
Correo electrónico: Tao Liu@RoswellPark.org
Kelly Jans
Director de Gestión de Datos
Teléfono: 716-845-1014
Correo electrónico: Kelly.Jans@RoswellPark.org
Philip Whalen
Director de desarrollo de software
Teléfono: 716-845-7197
Correo electrónico: Philip.Whalen@RoswellPark.org
Ubicación y horario
Centro de cáncer integral de Roswell ParkRecurso compartido de informática para la investigación biomédica
Centro de Estudios de Investigación, Sala 404
Calles Elm y Carlton
Buffalo, Nueva York 14263
Lunes a viernes de 8 a.m. a 4:30 p.m.
Los servicios de entrega de datos clínicos y de intermediario honesto para este estudio fueron proporcionados por el recurso compartido de informática de investigación biomédica, que está financiado por NCI P30CA16056 y es un recurso compartido de la subvención de apoyo al centro oncológico del Roswell Park Comprehensive Cancer Center. También se deben enviar dos copias de la publicación que reconozca la subvención principal a la instalación en Elm & Carlton Streets, Buffalo, NY 14263.
Publicaciones
- Suresh K, Lugade A, Miller A, Iyer R, Thanavala Y. Las frecuencias más altas de células T reguladoras GARP(+)CTLA-4(+)Foxp3(+) y células supresoras derivadas de mieloides en pacientes con carcinoma hepatocelular se asocian con una funcionalidad deficiente de las células T. Cancer Res 2013; 73(8): 2435-2444. PMC3645275
- Centro de atención médica Koboldt, Sociedad Forestal Fulton, Universidad McLellan, Maryland,… CD de Morrison, Gaudioso C, et al. Retratos moleculares completos de tumores de mama humanos. Nature. 2012; 7418(490): 61-70. PMCID: PMC3465532
- Hammerman PS, Lawrence MS, Voet D,…, CD de Morrison, Gaudioso C, et al. Caracterización genómica integral de cánceres de pulmón de células escamosas. Nature. 2012; 7417(489): 519-525. PMCID: PMC3466113
- Bell D, Berchuck A, Birrer M, Chien J,…, CD de Morrison, Gaudioso C, et al. Análisis genómicos integrados del carcinoma ovárico. Nature. 2011; 7353(474): 609-615. PMCID: PMC3163504
- Yang N, CD de Morrison, Liu P, Miecznikowski J, Bshara W, Han S, Zhu Q, Omilian AR, Li X, Zhang j. La TAZ induce la proliferación independiente del factor de crecimiento a través de la activación del ligando del EGFR, la anfirregulina. Cell Cycle 2012; 15(11): 2922-2930. PMCID: PMC3419062
- Warren G, Kasza K, Reid M, Cummings K., marshall j. Tabaquismo en el momento del diagnóstico y supervivencia en pacientes con cáncer. Int J Cancer 2013; 132(2): 401-410.
- Zeitouni N, Paquette A, Housel J, Shi Y, Salvaje G, Fomentar TH, Henderson B. Revisión retrospectiva del control del dolor mediante un programa de irradiación de dos pasos durante la terapia fotodinámica tópica con ALA en el cáncer de piel no melanoma. Lasers Surg Med 2013; 45(2): 89-94. PMC3685854
- Roberts M, Hong C, Borde S, Yao s, Bshara W, Higgins M, Freudenheim JL, Ambrosona CAnálisis de casos aislados de las asociaciones entre polimorfismos en los genes modificadores de metástasis BRMS1 y SIPA1 y características de tumores de mama, metástasis en ganglios linfáticos y supervivencia. Breast Cancer Res Treat 2013; 139(3): 873-885. PMC3819326
- Bharthuar A, Khorana AA, Hutson A, Wang JG, Key NS, Mackman N, Yer R. Factor tisular de micropartículas circulantes, tromboembolia y supervivencia en cánceres pancreatobiliares. Thromb Res 2013; 132(2): 180-184