Qué hacemos
El Recurso Compartido de Bioinformática (BIOINF) del Centro Oncológico Integral Roswell Park proporciona asistencia bioinformática de última generación para el diseño, análisis e interpretación de estudios genómicos, proteómicos y otros estudios de alta resolución y alto rendimiento para una mejor comprensión de la biología del cáncer, facilitando así la traducción de los descubrimientos ómicos del cáncer al tratamiento del cáncer.
Dirigimos el diseño de experimentos de alto rendimiento, el procesamiento de datos ómicos en bruto, el análisis e interpretación de datos, la extracción e integración de datos, ayudamos en el diseño y la implementación de la infraestructura informática adecuada para compartir y gestionar datos, revisamos y preparamos subvenciones y manuscritos, evaluamos software, desarrollamos nuevos métodos y bases de datos, y proporcionamos educación en bioinformática y capacitación práctica para investigadores. Nuestra experiencia garantiza que se maximice el rendimiento de la información útil de los estudios científicos realizados en Roswell Park mientras se minimizan los costos.
Trabajando en asociación con el Recurso compartido sobre bioestadística y genómica estadística, coordinamos las actividades de servicio y apoyo a través de reuniones de planificación periódicas, lo que garantiza que los investigadores de la Subvención de Apoyo al Centro Oncológico (CCSG) tengan una cobertura analítica completa, desde la bioestadística clínica y preclínica hasta la genética estadística y la bioinformática traslacional, mientras reciben apoyo centrado en cada disciplina. Además, el Recurso ha desarrollado una relación de trabajo sinérgica con el de Genómica, Informática de investigación biomédica, Servicios de laboratorio y biorepositorio Recursos compartidos y el departamento de Tecnología de la Información para garantizar la coordinación de experimentos y análisis a través de las diferentes fases de un proyecto de investigación sobre el cáncer.
Ecológica
El recurso compartido de bioinformática aprovecha dos recursos informáticos de última generación y disponibles localmente, necesarios para brindar soporte bioinformático de alto nivel.
En primer lugar, adquirimos un clúster de computación de alto rendimiento a través del departamento de Tecnología de la Información (TI) de Rowell Park. Este clúster está diseñado específicamente para respaldar el desarrollo de terapias médicas dirigidas y adaptadas a las características genéticas únicas de un paciente con cáncer mediante diversas aplicaciones de secuenciación de próxima generación (NGS) tanto en células individuales como en células en masa.
En segundo lugar, el personal de recursos compartidos tiene acceso inmediato al clúster de computación de alto rendimiento con más de 2PFlop/s de capacidad de computación de rendimiento máximo y almacenamiento de alto rendimiento correspondiente gracias a una colaboración formal con el Centro de Investigación Computacional (CCR) en la Universidad Estatal de Nueva York en Buffalo (UB). El CCR es una instalación académica líder en supercomputación con un entorno informático de alto rendimiento, laboratorios de visualización de última generación y personal de apoyo con experiencia en informática, visualización y redes.
Estos recursos informáticos de alto rendimiento son ideales para servicios de bioinformática en diversas escalas de intensidad de cómputo. En estos sistemas informáticos se instala y mantiene una lista de software y bases de datos de bioinformática actualizados que el equipo de recursos compartidos utiliza o desarrolla para brindar soporte y servicio.
Servicios de bioinformática
Abrir las opciones de configuración de Diseño de proyecto
El objetivo general del recurso compartido de bioinformática es proporcionar servicios integrales de bioinformática a los programas de investigación del CCSG a través de las diferentes fases de un proyecto de investigación del cáncer. Nuestro personal ayuda a los investigadores a realizar experimentos de alto rendimiento. Estos experimentos se guían por conocimientos computacionales y están diseñados para garantizar que se desarrollen los planes de análisis bioinformáticos correctos en el desarrollo de subvenciones y protocolos pertinentes y, en última instancia, se empleen en las preparaciones de manuscritos posteriores.
Nuestro personal trabaja en estrecha colaboración con los investigadores principales y otros miembros del equipo de investigación para definir la naturaleza y el alcance de las necesidades bioinformáticas pertinentes, así como el tipo de datos ómicos que se recopilarán y analizarán para lograr los objetivos del estudio. Esto incluye un debate detallado sobre la hipótesis de interés, estrategias preliminares de extracción de datos utilizando repositorios de datos públicos, la consideración de las técnicas de alto rendimiento adecuadas, el empleo del esquema de diseño experimental óptimo y las limitaciones previstas de los datos.
Brindamos apoyo de minería de datos exploratoria para el desarrollo de la sección de datos preliminares. Revisamos y, en general, desarrollamos el plan de análisis bioinformático para la mayoría de las solicitudes de subvenciones de CCSG y Roswell Park.
Realizamos análisis bioinformáticos y minería de datos de diversos conjuntos de datos ómicos y biológicos. Ayudamos a los investigadores a integrar datos ómicos con información clínica y desarrollamos modelos analíticos para estos datos en función de la hipótesis de interés.
Proporcionamos flujos de trabajo y canales de procesamiento, visualización y análisis de datos bien establecidos para diversas aplicaciones multiómicas y de imágenes tanto en células individuales como en células a granel.
El personal de bioinformática también realiza análisis in silico (como análisis de enriquecimiento de vías y funciones y análisis de redes genéticas) y ayuda a los investigadores a encontrar interpretaciones biológicas y/o clínicas plausibles de sus respectivos resultados.
Nuestro equipo, actuando como colaborador científico, revisa y redacta la sección de análisis bioinformático del manuscrito de interés y proporciona la interpretación relevante de los modelos de datos en relación con las conclusiones presentadas en el manuscrito en cuestión.
Ofrecemos una variedad de oportunidades educativas a estudiantes, becarios, personal de investigación y profesores. Estas incluyen talleres prácticos, consultas individuales, conferencias, seminarios, seminarios web y cursos sobre temas como diseño de estudios, métodos de análisis e implementación de flujos de trabajo.
Contribuimos al desarrollo de la infraestructura informática subyacente en estrecha colaboración con el departamento de TI para proporcionar a los investigadores del CCSG acceso a recursos informáticos y de almacenamiento de datos para almacenar, gestionar, analizar y compartir datos ómicos y otros tipos de datos. Los miembros de nuestro personal forman parte del Consejo Asesor de TI, donde formulan recomendaciones sobre la gestión de datos clave y la infraestructura del sistema informático. Es fundamental que participen en la toma de decisiones para garantizar que los datos correctos en el formato correcto fluyan a los repositorios de datos adecuados.
El personal del recurso compartido de bioinformática recopila y prueba los productos de bioinformática disponibles para ayudar a los investigadores a seleccionar las herramientas adecuadas para sus estudios específicos.
El equipo de recursos compartidos de bioinformática desarrolla herramientas bioinformáticas personalizadas, aplicaciones web interactivas y bases de datos back-end subyacentes, según sea necesario, cuando los productos existentes no están disponibles o no satisfacen las necesidades personalizadas de los investigadores del CCSG en relación con la respuesta a objetivos de estudio específicos. Siempre que sea posible, ponemos estas herramientas a disposición de la comunidad de investigación del cáncer en general.
Ubicación y horario
Centro de cáncer integral de Roswell ParkRecurso compartido de bioinformática
Centro de Estudios e Investigaciones – 4to Piso
Calles Elm y Carlton
Buffalo, Nueva York 14263
Horario de funcionamiento
Lunes a viernes de 8 a.m. a 5 p.m.
Este recurso compartido está financiado por NCI P30CA16056. Las publicaciones deben citar la subvención principal en la sección de agradecimientos, si utilizan datos generados por el recurso compartido. También se deben enviar dos copias de la publicación que reconozca la subvención principal a la instalación en Elm & Carlton Streets, Buffalo, NY 14263.
El recurso compartido de bioinformática respalda las necesidades de investigación de los investigadores de Roswell Park con respecto al diseño experimental, la integración de datos, así como el análisis de datos de estudios clínicos, de laboratorio y de población utilizando tecnologías bioinformáticas de alto rendimiento. Nuestra misión es promover la investigación y el tratamiento del cáncer proporcionando una variedad de bioinformática, investigación compartida y servicios a la comunidad del instituto a través de la colaboración. Una experiencia clave es desarrollar y utilizar algoritmos bioinformáticos de última generación para diseñar, analizar e integrar varios datos "ómicos" voluminosos para una mejor comprensión de los mecanismos moleculares subyacentes a la iniciación, la progresión y el pronóstico del cáncer humano.
El recurso compartido de bioinformática aprovecha varios recursos informáticos importantes disponibles. En primer lugar, cada empleado tiene una estación de trabajo Dell Linux, que es ideal para proyectos de bioinformática con un uso intensivo de recursos informáticos. En segundo lugar, a través de la colaboración con el departamento de TI de Roswell Park, el equipo tiene un clúster de computación de alto rendimiento adecuado para el análisis de secuenciación de próxima generación. En tercer lugar, a través de la colaboración con el Centro de Investigación Computacional de la UB, el personal de recursos tiene acceso inmediato al clúster de computación de alto rendimiento. Estos recursos del clúster de computación de alto rendimiento están diseñados específicamente para proyectos con un uso intensivo de recursos informáticos.
El recurso compartido de bioinformática desarrollará herramientas bioinformáticas novedosas y efectivas para la investigación y aplicaciones clínicas, ayudará a los investigadores a realizar experimentos "ómicos" de alto rendimiento guiados por conocimientos computacionales y garantizará que se empleen metodologías de diseño y análisis bioinformáticos correctas en las preparaciones de manuscritos y subvenciones relevantes de Roswell Park.
Nuestro equipo
Faculty
Personal
Eduardo Cortes, MA
Bioinformático Senior
Teléfono: 716-845-6313
Correo electrónico: Eduardo.CortesGomez@RoswellPark.org
Doctor en Filosofía Qiang Hu
Bioinformático Senior
Teléfono: 716-845-1630
Correo electrónico: Qiang.Hu@RoswellPark.org
Ram Nambiar, Maestro
Programador / Analista
Teléfono: 716-845-1300, x2216
Correo electrónico: Ram.Nambiar@RoswellPark.org
Yali Zhang, máster en salud pública
Bioinformático Senior
Teléfono: 716-845-2274
Correo electrónico: Yali Zhang@RoswellPark.org
Publicaciones
- El micobioma fúngico impulsa la secreción de IL-33 y la inmunidad tipo 2 en el cáncer de páncreas. Alam A, Levanduski E, Denz P, Villavicencio HS, Bhatta M, Alhorebi L, Zhang Y, Gomez EC, Morreale B, Senchanthisai S, Li J, Turowski SG, Sexton S, Sait SJ, Singh PK, Wang J, Maitra A, Kalinski P, DePinho RA, Wang H, Liao W, Abrams SI, Segal BH, Dey P. Cancer Cell. 2022;40(2):153-167.e11.
- Un inhibidor de la respuesta de la proteína desplegada mitocondrial suprime el crecimiento del cáncer de próstata en ratones a través de HSP60. Kumar R, Chaudhary AK, Woytash J, Inigo JR, Gokhale AA, Bshara W, Attwood K, Wang J, Spernyak JA, Rath E, Yadav N, Haller D, Goodrich DW, Tang DG, Chandra D. J Clin Invest. 2022;132(13):e149906.
- Comprensión de la sensibilidad a los fármacos y lucha contra la resistencia en el cáncer. Tyner JW, Haderk F, Kumaraswamy A, Baughn LB, Van Ness BG, Liu S, Marathe H, Alumkal JJ, Bivona TG, Chan KS, Druker BJ, Hutson AD, Nelson PS, Sawyers CL, Willey CD. Cancer Research 2022;82(8):1448-1460.
- Descifrando la heterogeneidad genómica espacial con una resolución de célula única en el mieloma múltiple. Merz M, Merz AMA, Wang J, Wei L, Hu Q, Hutson N, Rondeau C, Celotto K, Belal A, Alberico R, Block AW, Mohammadpour H, Wallace PK, Tario J, Luce J, Glenn ST, Singh P, Herr MM, Hahn T, Samur M, Munshi N, Liu S, McCarthy PL, Hillengass J. Nature Communications 2022;13(1):807.
- La adaptación metabólica de los tumores ováricos en pacientes tratadas con un inhibidor de IDO1 limita las respuestas inmunitarias antitumorales. Odunsi K, Qian F, Lugade AA, Yu H, Geller MA, Fling SP, Kaiser JC, Lacroix AM, D'Amico L, Ramchurren N, Morishima C, Disis ML, Dennis L, Danaher P, Warren S, Nguyen VA, Ravi S, Tsuji T, Rosario S, Zha W, Hutson A, Liu S, Lele S, Zsiros E, McGray AJR, Chiello J, Koya R, Chodon T, Morrison CD, Putluri V, Putluri N, Mager DE, Gunawan R, Cheever MA, Battaglia S, Matsuzaki J. Science Translational Medicine. 2022;14(636):eabg8402.
- El locus UACA está asociado con la quimiorresistencia y la supervivencia del cáncer de mama. Zhu Q, Schultz E, Long J, Roh JM, Valice E, Laurent CA, Radimer KH, Yan L, Ergas IJ, Davis W, Ranatunga D, Gandhi S, Kwan ML, Bao PP, Zheng W, Shu XO, Ambrosone C, Yao S, Kushi LH. NPJ Breast Cancer. 2022;8(1):39.
- Generación de células similares a cDC a partir de células madre pluripotentes inducidas humanas mediante señalización Notch. Makino K, Long MD, Kajihara R, Matsueda S, Oba T, Kanehira K, Liu S, Ito F. Journal for ImmunoTherapy of Cancer 2022;10(1):e003827.
- La vacuna de neoantígeno con cambio de marco recurrente provoca inmunidad protectora con una carga tumoral reducida y una supervivencia general mejorada en un modelo de ratón con síndrome de Lynch. Gebert J, Gelincik O, Oezcan-Wahlbrink M, Marshall JD, Hernandez-Sanchez A, Urban K, Long M, Cortes E, Tosti E, Katzenmaier EM, Song Y, Elsaadi A, Deng N, Vilar E, Fuchs V, Nelius N, Yuan YP, Ahadova A, Sei S, Shoemaker RH, Umar A, Wei L, Liu S, Bork P, Edelmann W, von Knebel Doeberitz M, Lipkin SM, Kloor M. Gastroenterología. Gastroenterología. 2021 octubre;161(4):1288-1302.e13.
- La inmunidad de las células T CD8+ bloquea la metástasis del cáncer de mama expuesto a carcinógenos. Li K, Li T, Feng Z, Huang M, Wei L, Yan Z, Long M, Hu Q, Wang J, Liu S, Sgroi DC, Demehri S. Science Advances 2021 18 de junio;7(25):eabd8936.
- Cadena de herramientas de bioconductores para procesos bioinformáticos reproducibles utilizando Rcwl y RcwlPipelines. Hu Q, Hutson A, Liu S, Morgan M, Liu Q. Bioinformática. 2021 de marzo de 27;37(19):3351-2.
- Sun X, Zhang Y, Li J, Soo Park K, Han K, Zhou X, Xu Y, Nam J, Xu J, Shi X, Wei L, Lei LY, Moon JJ. Amplificación de la activación de STING mediante partículas de dinucleótido cíclico-manganeso para metaloinmunoterapia local y sistémica contra el cáncer. Nature Nanobiotechnology 2021;16(11):1260-1270.
- Las células TFH dependen de la actividad HDAC intrínseca de Tcf1 para suprimir CTLA4 y proteger la función de ayuda de las células B. Li F, Zhao X, Zhang Y, Shao P, Ma X, Paradee WJ, Liu C, Wang J, Xue HH. Proc Natl Acad Sci US A. 2021;118(2):e2014562118.
- MUC1-C integra la activación de la vía IFN-γ con la supresión del microambiente inmunitario tumoral en el cáncer de mama triple negativo. Yamashita N, Long M, Fushimi A, Yamamoto M, Hata T, Hagiwara M, Bhattacharya A, Hu Q, Wong KK, Liu S, Kufe D. Journal for ImmunoTherapy of Cancer. 2021;9(1):e002115.
- Desregulación del ARN: una fuente en expansión de objetivos de inmunoterapia contra el cáncer. Pan Y, Kadash-Edmondson K, Wang R, Phillips J, Liu S, Ribas A, Aplenc R, Witte O, Xing Y. Tendencias en ciencias farmacológicas 2021; 42(4), 268-282.
- Eficacia y seguridad de pembrolizumab en combinación con bevacizumab y ciclofosfamida metronómica oral en el tratamiento del cáncer de ovario recurrente: un ensayo clínico de fase 2 no aleatorizado. Zsiros E, Lynam S, Attwood KM, Wang C, Chilakapati S, Gomez EC, Liu S, Akers S, Lele S, Frederick PJ, Odunsi K. JAMA Oncology 2021;7(1):78-85.
- La activación de NF-κB y p300/CBP potencia la quimioinmunoterapia contra el cáncer mediante la inducción de la presentación del antígeno MHC-I. Zhou Y, Bastian IN, Long MD, Dow M, Li W, Liu T, Ngu RK, Antonucci L, Huang JY, Phung QT, Zhao XH, Banerjee S, Lin XJ, Wang H, Dang B, Choi S, Karin D, Su H, Ellisman MH, Jamieson C, Bosenberg M, Cheng Z, Haybaeck J, Kenner L, Fisch KM, Bourgon R, Hernandez G, Lill JR, Liu S, Carter H, Mellman I, Karin M, Shalapour S. Actas de la Academia Nacional de Ciencias. 2021;118(8):e2025840118.
- La secuenciación ultraprofunda diferencia patrones de mutaciones clonales de la piel asociadas con el estado de exposición al sol y la carga de cáncer de piel. Wei L, Christensen SR, Fitzgerald ME, Graham J, Hutson ND, Zhang C, Huang Z, Hu Q, Zhan F, Xie J, Zhang J, Liu S, Remenyik E, Gellen E, Colegio OR, Bax M, Xu J, Lin H, Huss WJ, Foster BA, Paragh G. Science Advances 2021;7(1):eabd7703.
- Hagiwara M, Yasumizu Y, Yamashita N, Rajabi H, Fushimi A, Long MD, Li W, Bhattacharya A, Ahmad R, Oya M, Liu S, Kufe D. MUC1-C activa el complejo BAF (mSWI/SNF) en la próstata Células madre cancerosas. Investigación del cáncer 2021; 81(4):1111-1122.
- Los parámetros clave de la inmunogenicidad de los epítopos tumorales revelados mediante un enfoque de consorcio mejoran la predicción de neoantígenos. Wells DK, van Buuren MM, Dang KK, Hubbard-Lucey VM, Sheehan KCF, Campbell KM, Lamb A, Ward JP, Sidney J, Blazquez AB, Rech AJ, Zaretsky JM, Comin-Anduix B, Ng A, Chour W, Yu TV, Rizvi H, Chen JM, Manning P, Steiner GM, Doan XC, Tumor Neoantigen Selection Alliance; Merghoub T, Guinney J, Kolom A, Selinsky C, Ribas A, Hellmann MD, Hacohen N, Sette A, Heath JR, Bhardwaj N, Ramsdell F, Schreiber RD, Schumacher TN, Kvistborg P, Defranoux NA. Célula 2020;183(3):818-834.e13.
- Superación de la resistencia primaria y adquirida a la terapia anti-PD-L1 mediante la inducción y activación de cDC1 residentes en tumores. Oba T, Long MD, Keler T, Marsh HC, Minderman H, Abrams SI, Liu S, Ito F. Nature Communications 2020;11(1):5415.
- La retención de intrones es un rasgo distintivo y el espliceosoma representa una vulnerabilidad terapéutica en el cáncer de próstata agresivo. Zhang D, Hu Q, Liu X, Ji Y, Chao HP, Liu Y, Tracz A, Kirk J, Buonamici S, Zhu P, Wang J, Liu S, Tang DG. Nature Communications 2020;11(1):2089
- El análisis guiado por vías identifica el empalme alternativo de pre-ARNm dependiente de Myc en cánceres de próstata agresivos. Phillips JW, Pan Y, Tsai BL, Xie Z, Demirdjian L, Xiao W, Yang HT, Zhang Y, Lin CH, Cheng D, Hu Q, Liu S, Black DL, Witte ON, Xing Y. Actas de la Academia Nacional de Ciencias 2020;117(10):5269-5279.