Diseñamos el diagrama de luces de Navidad (Christmas Light Plot, CLP) para visualizar fácilmente los neoantígenos identificados (abajo). El CLP incorpora criterios predefinidos para la priorización de neoantígenos, incluidas las afinidades de unión del MHC, el nivel de expresión, los tipos de clase de HLA y el estado clonal mutante.
- Eje X:Fracción de alelos variantes (VAF) en WES, que se puede utilizar para inferir el estado clonal
- Eje Y:La afinidad de unión prevista del péptido mutante
Cada punto representa un neoantígeno con las siguientes características mostradas:
- Tamaño:El nivel de expresión genética por RNASeq; forma – clases de unión de HLA (I, II o ambas)
- Barra vertical:La diferencia entre las afinidades de unión de mutantes y tipos salvajes
- Color:Estratificado según la unión del mutante frente al tipo salvaje y el nivel de expresión del mutante
Se muestran los símbolos genéticos de los neoantígenos seleccionados para la detección.
Artículos seleccionados
Yang Y, Jain RK, Glenn ST, Xu B, Singh PK, Wei L, Hu Q, Long M, Hutson N, Wang J, Battaglia S, George S. Respuesta completa al anticuerpo anti-PD-L1 en un cáncer de vejiga metastásico asociado con una nueva mutación de MSH4 e inestabilidad de microsatélites . J Immunother Cancer. 2020 Mar;8(1):e000128. doi: 10.1136/jitc-2019-000128. PMID: 32221012; PMCID: PMC7206971.
Liu S, Matsuzaki J, Wei L, Tsuji T, Battaglia S, Hu Q, Cortes E, Wong L, Yan L, Long M, Miliotto A, Bateman NW, Lele SB, Chodon T, Koya RC, Yao S, Zhu Q, Conrads TP, Wang J, Maxwell GL, Lugade AA, Odunsi K. Identificación eficiente de respuestas de células T específicas de neoantígenos en cáncer de ovario humano avanzado . J Immunother Cancer. 2019 Jun 20;7(1):156. doi: 10.1186/s40425-019-0629-6. PMID: 31221207; PMCID: PMC6587259.