puestos de trabajo
Centro de cáncer integral de Roswell Park
- Profesor Asociado de Oncología
- Codirector del Centro de Recursos de Bioinformática
- Departamento de Bioestadística y Bioinformática
Fondo
Educación y Entrenamiento
- Doctorado en Bioinformática y Biología Computacional, Universidad Estatal de Iowa, Ames, IA
- Maestría en Botánica y Bioinformática, Universidad de Pekín, Pekín, China
- Licenciatura en Biología Molecular y del Desarrollo de Plantas, Universidad de Pekín, Pekín, China
Resumen de la investigación
Mis principales intereses se centran en el análisis de datos ómicos a gran escala de biotecnologías de vanguardia utilizando métodos computacionales y estadísticos. Mis intereses de investigación incluyen i) identificación sensible de variación estructural a partir de datos de secuenciación de próxima generación; ii) inferencia estadística e identificación computacional de variantes (isoformas, SNV, SV) de datos RNASeq; iii) estudio integrado de datos genómicos, epigenéticos y proteómicos. Se han desarrollado o están en desarrollo varios métodos y herramientas para el análisis computacional de datos de próxima generación utilizando inferencia estadística. Además, hemos aplicado esos métodos en estudios de genética del cáncer que revelaron muchos hallazgos novedosos (ver lista de publicaciones). Como laboratorio nuevo, nuestro grupo está cooperando con diferentes grupos para trabajar en nueva metodología y análisis de datos de alto rendimiento.
Publicaciones
- Cheung NK, Zhang J, Lu C, Parker M, Bahrami A, Tickoo SK, Heguy A, Pappo AS, Federico S, Dalton J, Cheung IY, Ding L, Fulton R, Wang J, Chen X, Becksfort J, Wu J, Billups CA, Ellison D, Mardis ER, Wilson RK, Downing JR, Dyer MA, St Jude Children's Research Hospital-Washington University Pediatric Cancer Genome Project. Asociación de la edad en el momento del diagnóstico y las mutaciones genéticas en pacientes con neuroblastoma. JAMA: The Journal of the American Medical Association 2012; 307(10):1062-1071
- Zhang J, Benavente CA, McEvoy J, Flores-Otero J, Ding L, Chen X, Ulyanov A, Wu G, Wilson M, Wang J, Brennan R, Rusch M, Manning AL, Ma J, Easton J, Shurtleff S, Mullighan C, Pounds S, Mukatira S, Gupta P, Neale G, Zhao D, Lu C, Fulton RS, Fulton LL, Hong X, Dooling DJ, Ochoa K, Naeve C, Dyson NJ, Mardis ER, Bahrami A, Ellison D , Wilson RK, Downing JR, Dyer MA. Una nueva terapia para el retinoblastoma a partir de análisis genómicos y epigenéticos. Naturaleza 2012; 481(7381):329-334
- Zhang J, Ding L, Holmfeldt L, Wu G, Heatley SL, Payne-Turner D, Easton J, Chen X, Wang J, Rusch M, Lu C, Chen SC, Wei L, Collins-Underwood JR, Ma J, Roberts KG, Pounds SB, Ulyanov A, Becksfort J, Gupta P, Huether R, Kriwacki RW, Parker M, McGoldrick DJ, Zhao D, Alford D, Espy S, Bobba KC, Song G, Pei D, Cheng C, Roberts S, Barbato MI, Campana D, Coustan-Smith E, Shurtleff SA, Raimondi SC, Kleppe M, Cools J, Shimano KA, Hermiston ML, Doulatov S, Eppert K, Laurenti E, Notta F, Dick JE, Basso G, Hunger SP, Loh ML, Devidas M, Madera B, Invierno S, Dunsmore KP, Fulton RS, Fulton LL, Hong X, Harris CC, Dooling DJ, Ochoa K, Johnson KJ, Obenauer JC, Evans WE, Pui CH, Naeve CW, Ley TJ, Mardis ER, Wilson RK, Downing JR, Mullighan CG.La base genética de los primeros Leucemia linfoblástica aguda de precursores de células T. Nature 2012; 481(7380):157-163